Деревня Заварзино была основана в 1626 году. В ней находилась церковь, посвященная Иоанну Предтече, но после революции 1917 года здание закрыли и переоборудовали в клуб. В 80-е годы XX века оно стало ветхим и было разобрано.

В 2004 году в поселке вновь появился православный приход. Инициативная группа граждан долго стремилась к строительству молельного дома. В 2011 году был выбран участок на возвышенности в центре поселка, где и заложили церковь.

7 июля 2014 года, в праздник Рождества Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, митрополит Томский и Асиновский Ростислав провел Божественную литургию в Иоанно-Предтеченской церкви села Заварзино, в день престольного праздника храма.