La aldea de Zavarzino fue fundada en 1626. En ella se encontraba una iglesia dedicada a San Juan Bautista, pero después de la revolución de 1917, el edificio fue cerrado y remodelado como club. En los años 80 del siglo XX se volvió ruinoso y fue demolido.

En 2004, la localidad volvió a contar con una parroquia ortodoxa. Un grupo de ciudadanos se esforzó durante mucho tiempo por construir una casa de oración. En 2011 se eligió un terreno en una elevación en el centro de la aldea, donde se fundó la iglesia.

El 7 de julio de 2014, en la festividad del Nacimiento del Profeta, Bautista y Precursor del Señor Juan, el metropolitano de Tomsk y Asinovsk, Rostislav, celebró la Divina Liturgia en la iglesia de San Juan Bautista de la aldea de Zavarzino, en el día de la festividad del templo.