Le village de Zavarzino a été fondé en 1626. Il abritait une église dédiée à Saint-Jean-Baptiste, mais après la révolution de 1917, le bâtiment a été fermé et réaménagé en club. Dans les années 80 du XXe siècle, il est devenu vétuste et a été démoli.

En 2004, une nouvelle paroisse orthodoxe est apparue dans le village. Un groupe d'initiatives de citoyens a longtemps aspiré à la construction d'une maison de prière. En 2011, un terrain surélevé au centre du village a été choisi, où l'église a été fondée.

Le 7 juillet 2014, lors de la fête de la naissance du Prophète, Précurseur et Baptiste du Seigneur Jean, le métropolite de Tomsk et d'Asinov Rostislav a célébré la Divine Liturgie dans l'église de Saint-Jean-Baptiste du village de Zavarzino, le jour de la fête patronale de l'église.