В 1847 году епископ Кавказский Иеремия распорядился основать женскую обитель с церковью во имя Иоанна Предтечи в трех верстах к северу от Ставрополя. Она предназначалась для вдов и сирот духовного звания, а также для больных из других сословий. Ставропольское общество поддержало инициативу, помогая как финансово, так и в строительстве двухэтажного каменного дома за монастырской оградой, где разместилась больница. Земля для монастыря была пожертвована жителями города, в том числе семьей Скомороховых.

В 1851 году епископ Кавказский Иоанникий добился изменения статуса общины на монастырь. В 1852-1863 годах, благодаря усилиям святителя Игнатия, обитель стала второклассным монастырем, а настоятельница получила сан игуменьи. Святитель Феофилакт провел первый монашеский постриг. Официальной датой основания монастыря считается 1859 год. Первая игуменья Серафима установила порядки по Афонскому уставу.

Во время русско-турецкой войны 1877-1878 годов сестры изготавливали все необходимое для военных лазаретов и ухаживали за ранеными.

К началу XX века Иоанно-Мариинский монастырь стал одним из крупнейших на Юге России. В нем действовали пять храмов, были построены корпуса, благоустроен пруд, разбит сад, открыта бесплатная школа для девочек и художественные мастерские. В начале XX века в монастыре насчитывалось около 1000 монахинь и послушниц.

В 1921 году монастырь был закрыт. На его территории размещались колония для беспризорников, дом отдыха и филиал краевой психиатрической клиники. В советское время здания пришли в упадок. К середине 2000-х четыре из пяти храмов были снесены, а пятый перестроен. После распада СССР долгое время обсуждение возвращения монастыря Церкви не велось.

В 2004 году, благодаря поддержке губернатора Ставропольского края А. Черногорова и председателя Госдумы края Ю. Гонтаря, началась передача монастыря Ставропольской епархии. 24 декабря того же года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви было благословлено открытие Иоанно-Мариинского женского монастыря в Ставрополе.

Монахини получили часть одного из оставшихся корпусов. Был обустроен храм во имя преподобного Серафима Саровского, начались работы по восстановлению одного из храмов. В первый год возрождения монастыря сестры организовали бесплатные курсы английского языка для детей и стали помогать психиатрической клинике. В начале 2006 года был подписан акт о возвращении Ставропольской епархии ряда помещений монастыря.