En 1847, el obispo del Cáucaso, Jeremías, ordenó la fundación de un convento femenino con una iglesia en honor a Juan Bautista, a tres verstas al norte de Stavropol. Estaba destinado a viudas y huérfanas de clérigos, así como a enfermos de otras clases sociales. La sociedad de Stavropol apoyó la iniciativa, ayudando tanto financieramente como en la construcción de una casa de piedra de dos pisos detrás del recinto del monasterio, donde se estableció un hospital. La tierra para el monasterio fue donada por los habitantes de la ciudad, incluida la familia Skomorokhov.

En 1851, el obispo del Cáucaso, Ioannikiy, logró cambiar el estatus de la comunidad a monasterio. Entre 1852 y 1863, gracias a los esfuerzos del santo Ignatios, el convento se convirtió en un monasterio de segunda clase, y la abadesa recibió el rango de igumenia. El santo Teofilacto realizó la primera tonsura monástica. La fecha oficial de fundación del monasterio se considera 1859. La primera igumenia, Serafima, estableció las reglas según el estatuto del Monte Athos.

Durante la guerra ruso-turca de 1877-1878, las hermanas fabricaban todo lo necesario para los hospitales militares y cuidaban a los heridos.

A principios del siglo XX, el monasterio Ioanno-Mariinsky se convirtió en uno de los más grandes del sur de Rusia. Contaba con cinco templos, se construyeron edificios, se mejoró un estanque, se creó un jardín, se abrió una escuela gratuita para niñas y talleres de arte. A principios del siglo XX, el monasterio contaba con alrededor de 1000 monjas y novicias.

En 1921, el monasterio fue cerrado. En su territorio se establecieron una colonia para huérfanos, una casa de descanso y una sucursal de la clínica psiquiátrica regional. Durante la época soviética, los edificios cayeron en decadencia. A mediados de la década de 2000, cuatro de los cinco templos fueron demolidos y el quinto fue reconstruido. Después de la disolución de la URSS, durante mucho tiempo no se discutió el regreso del monasterio a la Iglesia.

En 2004, gracias al apoyo del gobernador del territorio de Stavropol, A. Chernogorov, y del presidente de la Duma Estatal del territorio, Y. Gontar, comenzó la transferencia del monasterio a la diócesis de Stavropol. El 24 de diciembre de ese mismo año, en una reunión del Santo Sínodo de la Iglesia Ortodoxa Rusa, se bendijo la apertura del monasterio femenino Ioanno-Mariinsky en Stavropol.

Las monjas recibieron parte de uno de los edificios restantes. Se acondicionó un templo en honor al venerable Serafim de Sarov, y comenzaron los trabajos de restauración de uno de los templos. En el primer año de renacimiento del monasterio, las hermanas organizaron cursos gratuitos de inglés para niños y comenzaron a ayudar a la clínica psiquiátrica. A principios de 2006, se firmó un acto sobre el regreso a la diócesis de Stavropol de varias instalaciones del monasterio.