En 1847, l'évêque du Caucase, Jérémie, ordonna la fondation d'un monastère féminin avec une église au nom de Jean Baptiste, à trois verstes au nord de Stavropol. Il était destiné aux veuves et orphelins de la classe spirituelle, ainsi qu'aux malades d'autres classes. La société de Stavropol soutint l'initiative, aidant financièrement et en construisant une maison en pierre de deux étages derrière les murs du monastère, où se trouva un hôpital. Le terrain pour le monastère fut donné par les habitants de la ville, y compris la famille Skomorokhov.

En 1851, l'évêque du Caucase, Ioanniki, réussit à changer le statut de la communauté en monastère. Entre 1852 et 1863, grâce aux efforts de saint Ignace, le monastère devint un monastère de deuxième classe, et la supérieure reçut le titre d'abbesse. Saint Théophylact procéda à la première tonsure monastique. La date officielle de la fondation du monastère est considérée comme 1859. La première abbesse, Séraphima, établit des règles selon le règlement du Mont Athos.

Pendant la guerre russo-turque de 1877-1878, les sœurs fabriquaient tout le nécessaire pour les hôpitaux militaires et s'occupaient des blessés.

Au début du XXe siècle, le monastère Ioanno-Mariinsky était devenu l'un des plus grands du sud de la Russie. Cinq églises y étaient en activité, des bâtiments avaient été construits, un étang aménagé, un jardin créé, une école gratuite pour filles ouverte et des ateliers d'artisanat établis. Au début du XXe siècle, le monastère comptait environ 1000 moniales et postulantes.

En 1921, le monastère fut fermé. Sur son territoire, une colonie pour enfants abandonnés, une maison de repos et une filiale de la clinique psychiatrique régionale furent installées. À l'époque soviétique, les bâtiments tombèrent en ruine. Au milieu des années 2000, quatre des cinq églises furent démolies, et la cinquième reconstruite. Après la dissolution de l'URSS, la question du retour du monastère à l'Église ne fut pas discutée pendant longtemps.

En 2004, grâce au soutien du gouverneur de la région de Stavropol, A. Tchernogorov, et du président de la Douma régionale, Y. Gontar, le transfert du monastère à l'Éparchie de Stavropol commença. Le 24 décembre de la même année, lors d'une réunion du Saint-Synode de l'Église orthodoxe russe, l'ouverture du monastère féminin Ioanno-Mariinsky à Stavropol fut bénie.

Les moniales reçurent une partie d'un des bâtiments restants. Un temple au nom du saint Séraphim de Sarov fut aménagé, et des travaux de restauration d'une des églises commencèrent. Au cours de la première année de renaissance du monastère, les sœurs organisèrent des cours d'anglais gratuits pour les enfants et commencèrent à aider la clinique psychiatrique. Au début de 2006, un acte de retour à l'Éparchie de Stavropol de plusieurs locaux du monastère fut signé.