Im Jahr 1847 ordnete der kaukasische Bischof Jeremias die Gründung eines Frauenklosters mit einer Kirche im Namen des heiligen Johannes des Täufers drei Werst nördlich von Stavropol an. Es war für Witwen und Waisen geistlichen Standes sowie für Kranke aus anderen Ständen gedacht. Die Stavropoler Gesellschaft unterstützte die Initiative sowohl finanziell als auch beim Bau eines zweigeschossigen Steinhauses hinter der Klostermauer, in dem ein Krankenhaus untergebracht wurde. Das Land für das Kloster wurde von den Stadtbewohnern, darunter der Familie Skomorokhov, gespendet.

Im Jahr 1851 erreichte der kaukasische Bischof Joannikij die Änderung des Status der Gemeinde in ein Kloster. In den Jahren 1852-1863 wurde das Kloster dank der Bemühungen des Heiligen Ignatius zu einem Kloster zweiter Klasse, und die Äbtissin erhielt den Rang einer Igumenia. Der Heilige Theophilakt führte die erste monastische Profess durch. Das offizielle Gründungsdatum des Klosters gilt als 1859. Die erste Äbtissin Seraphima stellte die Regeln nach dem Athos-Statut auf.

Während des Russisch-Türkischen Krieges von 1877-1878 stellten die Schwestern alles Notwendige für die Militärlazarette her und kümmerten sich um die Verwundeten.

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts war das Ioanno-Mariinski-Kloster eines der größten im Süden Russlands. Es gab fünf Kirchen, es wurden Gebäude errichtet, ein Teich angelegt, ein Garten angelegt, eine kostenlose Schule für Mädchen eröffnet und Kunstwerkstätten eingerichtet. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts gab es im Kloster etwa 1000 Nonnen und Novizinnen.

Im Jahr 1921 wurde das Kloster geschlossen. Auf seinem Gelände wurden eine Kolonie für Waisenkinder, ein Erholungsheim und eine Filiale der regionalen psychiatrischen Klinik eingerichtet. In der Sowjetzeit verfielen die Gebäude. Bis Mitte der 2000er Jahre wurden vier von fünf Kirchen abgerissen, und die fünfte umgebaut. Nach dem Zerfall der UdSSR wurde lange Zeit nicht über die Rückgabe des Klosters an die Kirche diskutiert.

Im Jahr 2004 begann dank der Unterstützung des Gouverneurs der Region Stavropol A. Tschernogorow und des Vorsitzenden der Staatsduma der Region J. Gontar die Übertragung des Klosters an das Bistum Stavropol. Am 24. Dezember desselben Jahres wurde in der Sitzung des Heiligen Synods der Russisch-Orthodoxen Kirche die Eröffnung des Ioanno-Mariinski Frauenklosters in Stavropol gesegnet.

Die Nonnen erhielten einen Teil eines der verbleibenden Gebäude. Es wurde eine Kirche im Namen des heiligen Seraphim von Sarow eingerichtet, und die Arbeiten zur Wiederherstellung einer der Kirchen begannen. Im ersten Jahr der Wiederbelebung des Klosters organisierten die Schwestern kostenlose Englischkurse für Kinder und begannen, der psychiatrischen Klinik zu helfen. Anfang 2006 wurde ein Akt über die Rückgabe mehrerer Räume des Klosters an das Bistum Stavropol unterzeichnet.