Существует предание, что Ильинский погост возник на месте древнего языческого святилища, где местные племена проводили жертвоприношения до прихода новгородцев. Однако более вероятно, что погост был основан в XVI веке монахами, направлявшимися на Соловки. Первые упоминания о нём встречаются в «Жалованной грамоте» Новгородского митрополита Варлаама, выданной водлозерам в 1592 году.

Ильинский погост украшает деревянная церковь Ильи Пророка, построенная в 1798 году на месте старой шатровой церкви местными плотниками на средства прихожан. В основе строительства лежал проект, разработанный профессиональными архитекторами и утверждённый Олонецкой консисторией. Духовные власти не разрешили строить новую церковь по старому образцу, приказав разобрать старую и заложить новую «в сходственность плана». По мнению архитектора А.В. Ополовникова, который впервые обследовал и обмерил церковь в 1947 году, она строилась в разное время. Самой древней её частью является четверик, к которому позже добавили трапезную и колокольню. Изначально колокольня завершалась шатром, устремлённым ввысь.

На рубеже XIX-XX веков памятник был обновлён: колокольня лишилась шатра, вместо которого установили приплюснутый «полукумпол» со шпилем, и была обшита тёсом. Обшивка срубов церкви и трапезной объединила все элементы здания в единую массу; исчезли крытый висячий переход между колокольней и сенями, а также два крыльца. Интерьер также изменился: старый иконостас заменили новым, «составленным согласно правилам архитектуры». Новый иконостас, утверждённый Олонецкой строительной и дорожной комиссией, стал типичным эклектическим произведением второй половины XIX века. Потолки и стены церкви обшили досками.

Ещё одна особенность Ильинского погоста, бревенчатая ограда, укреплённая срубами и покрытая двускатной кровлей. Такие ограды, придающие сооружениям вид старинной крепости, раньше окружали многие монастыри и погосты. Эта ограда послужила образцом для ограды Кижского погоста. В ограде были лавки, где крестьяне и купцы торговали по праздникам и на ярмарках. Вероятно, торговля была прибыльной, так как на соседнем острове Колгостров были оборудованы обширные склады для купеческих товаров.

В 1930-е годы Ильинский погост опустел, потеряв священников и прихожан, отправленных в лагеря.

В 1991 году началось возрождение монастыря. С 2003 года на Ильинском погосте возобновились богослужения. В 2004 году директор Водлозерского национального парка Олег Червяков был рукоположен в священники и стал настоятелем Ильинской церкви.

23 декабря 2006 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви на Ильинском погосте был учреждён мужской монастырь Свято-Ильинская Водлозерская пустынь. В новообразованном монастыре служат игумен Киприан Грищенко, иеромонах, иеродиакон, инок и послушники.