Es gibt eine Legende, dass der Ilyinsky Pogost an der Stelle eines alten heidnischen Heiligtums entstand, wo lokale Stämme Opfergaben bis zum Kommen der Nowgoroder darbrachten. Wahrscheinlicher ist jedoch, dass der Pogost im 16. Jahrhundert von Mönchen gegründet wurde, die auf dem Weg zu den Solowezki-Inseln waren. Die ersten Erwähnungen davon finden sich in der "Erlassurkunde" des Nowgoroder Metropoliten Varlaam, die 1592 den Vodlozern ausgestellt wurde.

Der Ilyinsky Pogost wird von der Holzkirche des Propheten Elias geschmückt, die 1798 an der Stelle einer alten Zeltkirche von lokalen Zimmerleuten mit Mitteln der Gemeindemitglieder erbaut wurde. Der Bau basierte auf einem Projekt, das von professionellen Architekten entwickelt und von der Olonez-Konsistenz genehmigt wurde. Die geistlichen Behörden erlaubten nicht, eine neue Kirche nach dem alten Muster zu bauen, und befahlen, die alte abzureißen und eine neue "in Übereinstimmung mit dem Plan" zu errichten. Nach Meinung des Architekten A.V. Opolovnikov, der die Kirche 1947 erstmals untersuchte und maß, wurde sie zu verschiedenen Zeiten erbaut. Der älteste Teil ist der quadratische Raum, zu dem später das Speisehaus und der Glockenturm hinzugefügt wurden. Ursprünglich wurde der Glockenturm mit einem Zelt abgeschlossen, das in die Höhe strebte.

An der Wende vom 19. zum 20. Jahrhundert wurde das Denkmal erneuert: Der Glockenturm verlor sein Zelt, das durch eine abgeflachte "Halbkugel" mit einem Spitzdach ersetzt wurde, und wurde mit Schindeln verkleidet. Die Verkleidung der Wände der Kirche und des Speisehauses vereinte alle Elemente des Gebäudes zu einer einheitlichen Masse; der überdachte hängende Übergang zwischen dem Glockenturm und dem Vorraum sowie zwei Eingänge verschwanden. Auch das Innere änderte sich: Der alte Ikonostase wurde durch einen neuen ersetzt, "der gemäß den Regeln der Architektur zusammengestellt wurde". Der neue Ikonostase, der von der Olonez-Bau- und Straßenkommission genehmigt wurde, wurde zu einem typischen eklektizistischen Werk der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts. Die Decken und Wände der Kirche wurden mit Brettern verkleidet.

Eine weitere Besonderheit des Ilyinsky Pogost ist die aus Holz gebaute Umzäunung, die mit Stämmen verstärkt und mit einem Satteldach bedeckt ist. Solche Zäune, die den Gebäuden das Aussehen einer alten Festung verleihen, umgaben früher viele Klöster und Pogoste. Dieser Zaun diente als Vorbild für den Zaun des Kiji-Pogost. In der Umzäunung gab es Läden, in denen Bauern und Händler an Feiertagen und auf Märkten handelten. Wahrscheinlich war der Handel profitabel, da auf der benachbarten Insel Kolgostrov große Lagerhäuser für Kaufmannswaren eingerichtet waren.

In den 1930er Jahren wurde der Ilyinsky Pogost leer, da Priester und Gemeindemitglieder in Lager geschickt wurden.

1991 begann die Wiederbelebung des Klosters. Seit 2003 fanden im Ilyinsky Pogost wieder Gottesdienste statt. 2004 wurde der Direktor des Vodlozersky Nationalparks, Oleg Chervyakov, zum Priester geweiht und wurde der Abt der Ilyinsky Kirche.

Am 23. Dezember 2006 wurde durch Beschluss des Heiligen Synods der Russisch-Orthodoxen Kirche im Ilyinsky Pogost das Männerkloster der Heiligen Ilyinsky Vodlozerskaya Wüste gegründet. Im neu gegründeten Kloster dienen der Abt Kyprian Grishchenko, ein Hieromönch, ein Hierodeakon, Mönche und Novizen.