Existe una leyenda que dice que el Pogošt de Ilyinsk surgió en el lugar de un antiguo santuario pagano, donde las tribus locales realizaban sacrificios antes de la llegada de los novgorodianos. Sin embargo, es más probable que el pogošt fuera fundado en el siglo XVI por monjes que se dirigían a Solovki. Las primeras menciones sobre él se encuentran en el "Documento de Privilegios" del metropolitano de Novgorod Varlaam, emitido a los vodlozers en 1592.

El Pogošt de Ilyinsk está adornado con la iglesia de madera de Elías el Profeta, construida en 1798 en el lugar de una antigua iglesia de cúpula por carpinteros locales con fondos de los feligreses. La base de la construcción se basó en un proyecto desarrollado por arquitectos profesionales y aprobado por la consistoría de Olonets. Las autoridades espirituales no permitieron construir una nueva iglesia según el antiguo modelo, ordenando desmantelar la antigua y edificar una nueva "en conformidad con el plan". Según el arquitecto A.V. Opolovnikov, quien inspeccionó y midió la iglesia por primera vez en 1947, fue construida en diferentes épocas. La parte más antigua es el cuadrado, al que luego se le añadieron el refectorio y el campanario. Originalmente, el campanario estaba rematado con una cúpula que se elevaba hacia el cielo.

A finales del siglo XIX y principios del XX, el monumento fue renovado: el campanario perdió su cúpula, que fue reemplazada por un "semidomo" achatado con un pináculo, y fue revestido con tablones. El revestimiento de las estructuras de la iglesia y el refectorio unificó todos los elementos del edificio en una masa única; desaparecieron el paso cubierto entre el campanario y el vestíbulo, así como dos porches. El interior también cambió: el antiguo iconostasio fue reemplazado por uno nuevo, "compuesto de acuerdo con las reglas de la arquitectura". El nuevo iconostasio, aprobado por la comisión de construcción y carreteras de Olonets, se convirtió en una obra ecléctica típica de la segunda mitad del siglo XIX. Los techos y paredes de la iglesia fueron revestidos con tablones.

Otra característica del Pogošt de Ilyinsk es la cerca de troncos, reforzada con estructuras de madera y cubierta con un tejado a dos aguas. Tales cercas, que dan a las construcciones el aspecto de una antigua fortaleza, solían rodear muchos monasterios y pogošt. Esta cerca sirvió de modelo para la cerca del Pogošt de Kizhi. En la cerca había bancos donde campesinos y comerciantes comerciaban durante las festividades y ferias. Probablemente, el comercio era lucrativo, ya que en la isla vecina de Kolgostrov se habían habilitado amplios almacenes para mercancías comerciales.

En la década de 1930, el Pogošt de Ilyinsk quedó desierto, perdiendo a sus sacerdotes y feligreses, enviados a campos de concentración.

En 1991 comenzó la resurrección del monasterio. Desde 2003, se reanudaron los servicios religiosos en el Pogošt de Ilyinsk. En 2004, el director del Parque Nacional Vodlozersky, Oleg Chervyakov, fue ordenado sacerdote y se convirtió en el rector de la iglesia de Ilyinsk.

El 23 de diciembre de 2006, por decisión del Santo Sínodo de la Iglesia Ortodoxa Rusa, se fundó el monasterio masculino del Desierto de Vodlozerskaya de San Ilyin en el Pogošt de Ilyinsk. En el nuevo monasterio sirven el igumen Cipriano Grishchenko, un ieromonje, un hierodiácono, un monje y postulantes.