Il existe une légende selon laquelle le pogost d'Ilinskiy est né à l'emplacement d'un ancien sanctuaire païen, où les tribus locales faisaient des sacrifices avant l'arrivée des Novgorodiens. Cependant, il est plus probable que le pogost ait été fondé au XVIe siècle par des moines se rendant aux Solovki. Les premières mentions à son sujet se trouvent dans la "Charte de privilèges" du métropolite de Novgorod Varlaam, délivrée aux Vodlozers en 1592.

Le pogost d'Ilinskiy est orné d'une église en bois du prophète Élie, construite en 1798 à l'emplacement d'une ancienne église à toit en tente par des charpentiers locaux avec les fonds des paroissiens. La construction reposait sur un projet élaboré par des architectes professionnels et approuvé par la consistance d'Olonez. Les autorités ecclésiastiques n'ont pas permis de construire une nouvelle église selon l'ancien modèle, ordonnant de démolir l'ancienne et d'en établir une nouvelle "en conformité avec le plan". Selon l'architecte A.V. Opolovnikov, qui a examiné et mesuré l'église pour la première fois en 1947, elle a été construite à différentes époques. La partie la plus ancienne est le carré, auquel ont été ajoutés plus tard la salle à manger et le clocher. À l'origine, le clocher se terminait par un toit en tente, s'élevant vers le ciel.

À la fin du XIXe et au début du XXe siècle, le monument a été rénové : le clocher a perdu son toit en tente, remplacé par un "demi-dôme" aplati avec une flèche, et a été recouvert de planches. Le revêtement des structures de l'église et de la salle à manger a uni tous les éléments du bâtiment en une masse unique ; le passage couvert suspendu entre le clocher et le vestibule, ainsi que deux porches, ont disparu. L'intérieur a également changé : l'ancien iconostase a été remplacé par un nouveau, "composé selon les règles de l'architecture". Le nouvel iconostase, approuvé par la commission de construction et de routes d'Olonez, est devenu une œuvre éclectique typique de la seconde moitié du XIXe siècle. Les plafonds et les murs de l'église ont été recouverts de planches.

Une autre caractéristique du pogost d'Ilinskiy est la clôture en rondins, renforcée par des structures en bois et couverte d'un toit à deux pentes. De telles clôtures, donnant aux bâtiments l'apparence d'une ancienne forteresse, entouraient autrefois de nombreux monastères et pogosts. Cette clôture a servi de modèle pour la clôture du pogost de Kizhi. Dans la clôture, il y avait des échoppes où les paysans et les marchands commerçaient pendant les fêtes et les foires. Il est probable que le commerce était lucratif, car sur l'île voisine de Kolgostrov, de vastes entrepôts pour les marchandises commerciales étaient aménagés.

Dans les années 1930, le pogost d'Ilinskiy s'est vidé, perdant ses prêtres et ses paroissiens, envoyés dans des camps.

En 1991, la renaissance du monastère a commencé. Depuis 2003, les services religieux ont repris au pogost d'Ilinskiy. En 2004, le directeur du parc national de Vodlozersk, Oleg Chervyakov, a été ordonné prêtre et est devenu le supérieur de l'église d'Ilinskiy.

Le 23 décembre 2006, par décision du Saint-Synode de l'Église orthodoxe russe, un monastère masculin a été établi au pogost d'Ilinskiy, le monastère de la Désert de Saint-Ilie de Vodlozerskaya. Dans le monastère nouvellement créé, servent l'igoumène Kyprian Grishchenko, un hiéromoine, un hiérodiaque, des moines et des novices.