Церковь с одним престолом и одним куполом была построена в Инкерманском монастыре в 1894-1895 годах в память о чудесном спасении императорской семьи на станции Борки в 1888 году. Фасад здания выполнен в стиле классицизма, а алтарная часть вырублена в скале. В 1926 году церковь закрыли, а во время Великой Отечественной войны она была разрушена. В 2011 году её восстановили в прежнем виде и вновь открыли.

С 1991 года, после советского периода, благодаря усилиям настоятеля Инкерманского монастыря архимандрита Августина (Половецкого †1996), братии и мирян, началось постепенное возрождение обители. Были восстановлены храмы и жилые корпуса. Из Киева была передана частица честной главы святого священномученика Климента, а рака с его мощами установлена в боковом нефе Свято-Климентовского храма.