Die Kirche mit einem Altar und einer Kuppel wurde im Inkermaan-Kloster in den Jahren 1894-1895 zum Gedenken an die wunderbare Rettung der kaiserlichen Familie an der Station Borki im Jahr 1888 erbaut. Die Fassade des Gebäudes ist im klassizistischen Stil gehalten, während der Altarbereich in den Felsen gehauen ist. Im Jahr 1926 wurde die Kirche geschlossen und während des Zweiten Weltkriegs zerstört. Im Jahr 2011 wurde sie in ihrem ursprünglichen Zustand wiederhergestellt und erneut eröffnet.

Seit 1991, nach der Sowjetzeit, begann dank der Bemühungen des Abtes des Inkermaan-Klosters, Archimandrit Augustin (Polowetski †1996), der Brüder und Laien, eine schrittweise Wiederbelebung des Klosters. Kirchen und Wohngebäude wurden wiederhergestellt. Aus Kiew wurde ein Teil des ehrwürdigen Hauptes des heiligen Märtyrers Clemens übergeben, und die Reliquien wurden in dem Seitenschiff der Heilig-Clemens-Kirche aufgestellt.