La iglesia con un solo altar y una cúpula fue construida en el monasterio de Inkerman entre 1894 y 1895 en memoria del milagroso salvamento de la familia imperial en la estación de Borki en 1888. La fachada del edificio está realizada en estilo clasicista, y la parte del altar está tallada en la roca. En 1926, la iglesia fue cerrada, y durante la Gran Guerra Patria fue destruida. En 2011, fue restaurada en su forma original y reabierta.

Desde 1991, tras el período soviético, gracias a los esfuerzos del abad del monasterio de Inkerman, el archimandrita Agustín (Polovetsky †1996), la comunidad y los laicos, comenzó la gradual resurrección del monasterio. Se restauraron las iglesias y los edificios residenciales. Desde Kiev se envió una parte de la honorable cabeza del santo mártir Clemente, y la urna con sus reliquias fue instalada en la nave lateral de la iglesia de San Clemente.