Каменная однопрестольная домовая церковь при настоятельском доме в Инкерманском монастыре была возведена в 1867 году по проекту архитектора Д. М. Струкова. После закрытия монастыря здание было передано обновленцам, а в 1931 году стало частью Севастопольского музея. В 1990-х годах церковь вновь открылась.

В 1992 году Инкерманская обитель возобновила свою деятельность после советского периода. В древней церкви снова начали проводиться богослужения, восстановлены дом настоятеля и братский корпус, а кладбище приведено в порядок. Посетители могут увидеть высеченный средневековыми монахами в скале коридор-тоннель, ведущий к трем древним пещерным храмам: святого Мартина исповедника, святого апостола Андрея Первозванного и главному монастырскому храму-базилике, посвященному священномученику.

В монастыре хранятся частицы мощей честной главы священномученика Климента, переданные из Киево-Печерской лавры. Также ведутся работы по восстановлению Спасского скита, расположенного рядом с селом Терновка под Севастополем.