В 1891 году, к тысячелетию Балаклавского Георгиевского мужского монастыря в Крыму, было выбрано место для его подворья в Екатеринодаре, чтобы поддерживать многочисленных паломников. Закладка камня в честь святого великомученика Георгия Победоносца состоялась в воскресенье, 18 июня 1895 года, после Литургии. Храм возводился более восьми лет на средства, собранные благодаря пожертвованиям жителей города. Его торжественное освящение прошло 30 ноября 1903 года. Храм выполнен в стиле русской архитектуры XVII века, с пятью луковичными куполами над центральной частью и колокольней над притвором, всего 11 куполов. В период с 1922 по 1939 год большинство храмов города и районных станиц епархии были закрыты или разрушены. Однако в Краснодаре Свято-Георгиевский храм оставался действующим, он никогда не закрывался и в нем всегда проводилась Божественная Литургия.

В конце XX века в храме служил почетный митрофорный протоиерей отец Петр Чалый, который скончался 3 мая 1998 года. Почти пятьдесят лет он посвятил служению Церкви и был любим прихожанами. Его знали в Екатеринодаре и крае как праведного молитвенника, мудрого советника и доброго человека. В 1995 году храм посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. На территории храма расположено двухэтажное здание, в котором находятся воскресная школа, просфорная, канцелярия, трапезная, магазин церковной утвари и церковная библиотека.