En 1891, à l'occasion du millénaire du monastère masculin de Balaklava, un emplacement a été choisi pour son annexe à Ekaterinodar, afin de soutenir les nombreux pèlerins. La pose de la pierre en l'honneur de saint Georges le Victorieux a eu lieu le dimanche 18 juin 1895, après la Liturgie. L'église a été construite pendant plus de huit ans grâce aux fonds collectés par les dons des habitants de la ville. Sa consécration solennelle a eu lieu le 30 novembre 1903. L'église est réalisée dans le style de l'architecture russe du XVIIe siècle, avec cinq coupoles en forme d'oignon au-dessus de la partie centrale et un clocher au-dessus du vestibule, pour un total de 11 coupoles. Entre 1922 et 1939, la plupart des églises de la ville et des districts de l'évêché ont été fermées ou détruites. Cependant, à Krasnodar, l'église Saint-Georges est restée en activité, elle n'a jamais été fermée et la Divine Liturgie y a toujours été célébrée.

À la fin du XXe siècle, l'église était desservie par le père Pierre Chaly, prêtre honoré mitrophore, qui est décédé le 3 mai 1998. Il a consacré près de cinquante ans au service de l'Église et était aimé des paroissiens. Il était connu à Ekaterinodar et dans la région comme un juste intercesseur, un conseiller sage et un homme bon. En 1995, le Saint Patriarche de Moscou et de toute la Russie, Alexis II, a visité l'église. Sur le territoire de l'église se trouve un bâtiment à deux étages, qui abrite l'école du dimanche, la boulangerie, le bureau, la salle à manger, le magasin d'objets liturgiques et la bibliothèque de l'église.