Im Jahr 1891, zum Millennium des Balaklawer Georgskloster in der Krim, wurde ein Ort für seine Filiale in Jekaterinodar ausgewählt, um die zahlreichen Pilger zu unterstützen. Der Grundstein zu Ehren des heiligen großen Märtyrers Georg von Kapodistrias wurde am Sonntag, dem 18. Juni 1895, nach der Liturgie gelegt. Die Kirche wurde über acht Jahre lang mit Mitteln erbaut, die durch Spenden der Stadtbewohner gesammelt wurden. Ihre feierliche Weihe fand am 30. November 1903 statt. Die Kirche ist im Stil der russischen Architektur des 17. Jahrhunderts gestaltet, mit fünf Zwiebelkuppeln über dem zentralen Teil und einem Glockenturm über dem Vorraum, insgesamt 11 Kuppeln. Von 1922 bis 1939 wurden die meisten Kirchen der Stadt und der umliegenden Bezirke der Diözese geschlossen oder zerstört. In Krasnodar blieb die Heilig-Georgs-Kirche jedoch aktiv, sie wurde nie geschlossen und es fand immer die Göttliche Liturgie statt.

Am Ende des 20. Jahrhunderts diente in der Kirche der ehrenwerte Mitrophor-Protodiakon Vater Peter Chaly, der am 3. Mai 1998 verstarb. Fast fünfzig Jahre widmete er sich dem Dienst an der Kirche und war bei den Gemeindemitgliedern beliebt. Er war in Jekaterinodar und der Region als frommer Beter, weiser Berater und guter Mensch bekannt. Im Jahr 1995 besuchte der Heilige Patriarch von Moskau und ganz Russland Alexius II. die Kirche. Auf dem Gelände der Kirche befindet sich ein zweigeschossiges Gebäude, in dem sich die Sonntagsschule, die Prosforna, das Büro, die Kantine, ein Geschäft für kirchliche Utensilien und eine Kirchenbibliothek befinden.