В 1892 году на Кубани вспыхнула эпидемия азиатской холеры, которая бушевала около 150 дней и унесла 15045 жизней. Жители региона восприняли это как наказание за грехи и решили, что всенародная молитва поможет излечению. Она состоялась 20 июля в Екатеринодаре на пересечении улиц Пашковской и Посполитакинской. Во время молебна горожане пообещали построить храм, если болезнь отступит. Эпидемия действительно ослабла, и 21 декабря 1901 года жители обратились к настоятелю Войскового Св. Александра Невского собора Михаилу Воскресенскому с просьбой помочь в строительстве часовни в память об избавлении от холеры.

История создания храма Св. Пророка Илии в Екатеринодаре стала известна благодаря исследованиям историка В.П. Бардадыма. Сестры Ирина и Настасья Рощины пожертвовали участок земли, чтобы на нем был построен молитвенный дом в честь пророка Илии. 26 октября 1903 года был создан Комитет по строительству, а 2 ноября состоялась закладка дома. Проект безвозмездно разработал инженер Николай Петин.

Полное оборудование храма завершилось в начале 1907 года, и 25 февраля состоялось его освящение. Через пять лет было решено пристроить колокольню, и начался сбор пожертвований. Однако настенные росписи так и не были выполнены из-за событий 1917 года. В 1918 году храм стал общеприходским, и в нем служили известные священники того времени.

В 1931 году храм был закрыт, но через 10 лет его открыли немецкие захватчики, что вызвало недовольство советской власти. В 1954 году было подано ходатайство о сносе храма, но оно затерялось. В 1963 году храм снова закрыли, и более 25 лет он использовался как склад.

В конце 1980-х годов храм был возвращен верующим, и началась его реставрация. 2 августа 1990 года храм был освящен архиепископом Исидором. В 1993 году была установлена латунная икона Св. Илии Пророка. В 1999 году настоятелем стал Сергий Овчинников, который уделял внимание историческому значению храма как памятника казачьей культуры.