Im Jahr 1892 brach in Kuban eine Epidemie der asiatischen Cholera aus, die etwa 150 Tage wütete und 15045 Leben forderte. Die Bewohner der Region betrachteten dies als Strafe für ihre Sünden und beschlossen, dass ein gemeinsames Gebet zur Heilung beitragen würde. Dieses fand am 20. Juli in Jekaterinodar an der Kreuzung der Straßen Pashkovskaya und Pospelitakinskaya statt. Während des Gebets versprachen die Stadtbewohner, einen Tempel zu bauen, wenn die Krankheit nachlassen würde. Die Epidemie ließ tatsächlich nach, und am 21. Dezember 1901 wandten sich die Einwohner an den Pfarrer der Militärkirche St. Alexander Newski, Michail Woskresenski, mit der Bitte um Hilfe beim Bau einer Kapelle zur Erinnerung an die Befreiung von der Cholera.

Die Geschichte des Baus der Kirche des heiligen Propheten Elias in Jekaterinodar wurde durch die Forschungen des Historikers W.P. Bardadym bekannt. Die Schwestern Irina und Nastassja Roschina spendeten ein Grundstück, um darauf ein Gebetshaus zu Ehren des Propheten Elias zu errichten. Am 26. Oktober 1903 wurde ein Baukomitee gegründet, und am 2. November fand die Grundsteinlegung statt. Das Projekt wurde kostenlos von Ingenieur Nikolai Petin entwickelt.

Die vollständige Ausstattung der Kirche wurde Anfang 1907 abgeschlossen, und am 25. Februar fand ihre Weihe statt. Fünf Jahre später wurde beschlossen, einen Glockenturm anzubauen, und es begann die Sammlung von Spenden. Die Wandmalereien wurden jedoch aufgrund der Ereignisse von 1917 nie ausgeführt. Im Jahr 1918 wurde die Kirche zur Gemeindekirche, und darin dienten bekannte Priester jener Zeit.

Im Jahr 1931 wurde die Kirche geschlossen, aber zehn Jahre später wurde sie von den deutschen Besatzern wieder eröffnet, was Unmut bei der sowjetischen Regierung hervorrief. 1954 wurde ein Antrag auf Abriss der Kirche gestellt, aber dieser ging verloren. 1963 wurde die Kirche erneut geschlossen und mehr als 25 Jahre als Lager genutzt.

Ende der 1980er Jahre wurde die Kirche den Gläubigen zurückgegeben, und ihre Restaurierung begann. Am 2. August 1990 wurde die Kirche von Erzbischof Isidor geweiht. Im Jahr 1993 wurde eine Messingikone des heiligen Propheten Elias installiert. 1999 wurde Sergij Owtschininkow zum Pfarrer, der der historischen Bedeutung der Kirche als Denkmal der Kosakenkultur besondere Aufmerksamkeit schenkte.