En 1892, une épidémie de choléra asiatique a éclaté dans le Kouban, durant environ 150 jours et emportant 15045 vies. Les habitants de la région ont perçu cela comme une punition pour leurs péchés et ont décidé qu'une prière collective aiderait à la guérison. Elle a eu lieu le 20 juillet à Ekaterinodar, à l'intersection des rues Pashkovskaya et Pospolitakinskaya. Pendant la prière, les citadins ont promis de construire une église si la maladie reculait. L'épidémie a effectivement diminué, et le 21 décembre 1901, les habitants se sont adressés au prêtre de la cathédrale militaire Saint Alexandre Nevski, Mikhaïl Voskresenski, pour demander de l'aide dans la construction d'une chapelle en mémoire de leur délivrance du choléra.

L'histoire de la création de l'église de Saint Élie le Prophète à Ekaterinodar est devenue connue grâce aux recherches de l'historien V.P. Bardadym. Les sœurs Irina et Nastassya Roshchiny ont fait don d'un terrain pour y construire une maison de prière en l'honneur du prophète Élie. Le 26 octobre 1903, un comité de construction a été créé, et le 2 novembre, la première pierre a été posée. Le projet a été élaboré gratuitement par l'ingénieur Nikolaï Petin.

L'équipement complet de l'église a été achevé au début de 1907, et son inauguration a eu lieu le 25 février. Cinq ans plus tard, il a été décidé d'ajouter un clocher, et la collecte de dons a commencé. Cependant, les fresques murales n'ont jamais été réalisées en raison des événements de 1917. En 1918, l'église est devenue paroissiale, et des prêtres célèbres de l'époque y ont officié.

En 1931, l'église a été fermée, mais dix ans plus tard, elle a été rouverte par les envahisseurs allemands, ce qui a provoqué le mécontentement des autorités soviétiques. En 1954, une demande de démolition de l'église a été soumise, mais elle a été perdue. En 1963, l'église a de nouveau été fermée, et pendant plus de 25 ans, elle a été utilisée comme entrepôt.

À la fin des années 1980, l'église a été restituée aux croyants, et sa restauration a commencé. Le 2 août 1990, l'église a été consacrée par l'archevêque Isidore. En 1993, une icône en laiton de Saint Élie le Prophète a été installée. En 1999, le prêtre Sergueï Ovchinnikov est devenu le responsable, mettant l'accent sur la signification historique de l'église en tant que monument de la culture cosaque.