En 1892, en Kubán, estalló una epidemia de cólera asiática que duró alrededor de 150 días y se llevó 15,045 vidas. Los habitantes de la región lo interpretaron como un castigo por sus pecados y decidieron que la oración colectiva ayudaría a la curación. Esta tuvo lugar el 20 de julio en Ekaterinodar, en la intersección de las calles Pashkovskaya y Pospolitakinskaya. Durante la oración, los ciudadanos prometieron construir un templo si la enfermedad retrocedía. La epidemia efectivamente disminuyó, y el 21 de diciembre de 1901, los habitantes se dirigieron al rector de la Catedral Militar de San Alejandro Nevski, Mijaíl Voskresenski, pidiéndole ayuda para construir una capilla en memoria de su liberación del cólera.

La historia de la creación del templo de San Elías Profeta en Ekaterinodar se hizo conocida gracias a las investigaciones del historiador V.P. Bardadym. Las hermanas Irina y Nastasia Roshchina donaron un terreno para construir una casa de oración en honor al profeta Elías. El 26 de octubre de 1903 se creó el Comité de Construcción, y el 2 de noviembre se realizó la colocación de la primera piedra. El proyecto fue desarrollado sin costo por el ingeniero Nikolai Petin.

El equipamiento completo del templo se finalizó a principios de 1907, y el 25 de febrero se llevó a cabo su consagración. Cinco años después, se decidió añadir un campanario y comenzó la recolección de donaciones. Sin embargo, las pinturas murales nunca se realizaron debido a los eventos de 1917. En 1918, el templo se convirtió en parroquial, y en él sirvieron conocidos sacerdotes de la época.

En 1931, el templo fue cerrado, pero diez años después fue reabierto por los ocupantes alemanes, lo que provocó el descontento del gobierno soviético. En 1954 se presentó una solicitud para demoler el templo, pero se perdió. En 1963, el templo fue cerrado nuevamente, y durante más de 25 años se utilizó como almacén.

A finales de la década de 1980, el templo fue devuelto a los creyentes, y comenzó su restauración. El 2 de agosto de 1990, el templo fue consagrado por el arzobispo Isidoro. En 1993 se instaló un ícono de bronce de San Elías Profeta. En 1999, el rector se convirtió en Serguéi Ovchinnikov, quien prestó atención al significado histórico del templo como un monumento de la cultura cosaca.