История села начинается с середины XVII века, когда оно возникло во время строительства Белгородской оборонительной черты. Изначально это была пригородная слобода при крепости Короча, но позже здесь построили церковь, и Поповка превратилась в село с деревянными домами, соломенными крышами и плетеными заборами. По народной легенде, название села произошло от фамилии первого поселенца из служилых людей, Попова.

С расширением Московского государства на юг, крепость Короча утратила свое оборонительное значение. Служилые люди стали сначала однодворцами, а затем обычными государственными крестьянами. В селе начали появляться помещики из приезжих, которые отбирали земли у местных жителей и привозили своих крепостных, создавая хутора. Так появились хутор Крученый и Голевка, которыми владел Лукинов Илья Иванович.

Село быстро росло, и к 1862 году здесь было уже 114 дворов и проживало 1406 человек. В среднем, семья состояла из 13 человек. Развивались различные ремесла: ткацкое, бондарное, гончарное, лозоплетение, изготовление упряжи и заготовка сухофруктов. В 1874 году в селе открылась первая церковно-приходская школа. В 1884 году Поповка входила в Булановскую волость Новооскольского уезда.

В 1918 году в Поповке установилась Советская власть, и в этом же году была построена каменная церковь с престолами Александра Невского и Николая Чудотворца. В советское время здание храма использовалось в хозяйственных целях, и в настоящее время оно находится в полуразрушенном состоянии.