История Свято-Стефановского храма начинается в XIV веке, когда проповедник Стефан Пермский построил православную деревянную часовню на месте языческого капища в селении Пырас. Со временем, когда население увеличилось, часовня стала тесной, её разобрали и возвели деревянную церковь с двумя престолами: в честь святителя Николая Чудотворца и архидиакона Стефана. Церковь называли Святониколаевской.

Согласно преданию, в середине XVII века прихожане нашли рядом с церковью чудотворную икону Владимирской Божьей Матери. На этом месте построили деревянную шатровую церковь в честь явленного образа, а придел освятили во имя Святого Стефана Великопермского. Новый приход получил название Котласского Стефановского.

3 августа 1776 года после вечерней службы церковь загорелась от удара молнии. Удалось спасти лишь часть икон, включая икону Владимирской Божьей Матери.

В 1785 году завершили строительство каменного храма в честь Владимирской иконы Божией Матери с Никольским приделом и во имя Святого Первомученика и архидиакона Стефана, а старый Святониколаевский храм разобрали.

В 1825 году на месте разобранного храма под руководством крестьянина Льва Трофимовича Беляева началось строительство каменной холодной церкви с колокольней. Её освятили 8 декабря 1829 года во имя святителя Стефана епископа Пермского.

5 сентября 1920 года Котласский совет заключил договор с общиной верующих, по которому церковное имущество передавалось общине. В июне 1928 года пытались разобрать ограду на кирпичи, а в 1931 году власти потребовали освободить один из храмов и три угловых флигеля. В 1932-1937 годах в храмах разместили мельницу и маслозавод, священников выслали, а дьякона Ивана Трубачева расстреляли.

После войны, в период короткой оттепели, храм вернули верующим. 14 сентября 1947 года епископ Архангельский и Холмогорский Леонтий назначил настоятелем Котласского Стефановского прихода священника Владимира Жохова. В 1948 году из закрытой Вондокурской церкви в Свято-Стефановский храм привезли иконостас, так как прежний был уничтожен в 1931 году.

Сегодня на территории Свято-Стефановского храма активно ведутся ремонтно-реставрационные работы. По благословению епископа Котласского и Вельского Василия в нижнем храме, посвящённом святителю Николаю Чудотворцу, проведён капитальный ремонт. Также реставрируется храм-колокольня в честь святителя Стефана Пермского.