La historia de la iglesia de San Esteban comienza en el siglo XIV, cuando el predicador Esteban de Perm construyó una capilla ortodoxa de madera en el lugar de un santuario pagano en la aldea de Pyras. Con el tiempo, a medida que la población aumentó, la capilla se volvió pequeña, fue desmantelada y se erigió una iglesia de madera con dos altares: en honor a San Nicolás el Milagroso y al archidiácono Esteban. La iglesia se llamaba de San Nicolás.

Según la leyenda, a mediados del siglo XVII, los feligreses encontraron cerca de la iglesia un ícono milagroso de la Virgen de Vladimir. En este lugar se construyó una iglesia de madera con cúpula en honor a la imagen revelada, y el altar se consagró en nombre de San Esteban de Gran Perm. La nueva parroquia recibió el nombre de la parroquia de San Esteban de Kotlas.

El 3 de agosto de 1776, después del servicio vespertino, la iglesia se incendió debido a un rayo. Solo se pudo salvar una parte de los íconos, incluyendo el ícono de la Virgen de Vladimir.

En 1785 se completó la construcción de la iglesia de piedra en honor al ícono de la Virgen de Vladimir con un altar en honor a San Esteban, el primer mártir y archidiácono, y se desmanteló la antigua iglesia de San Nicolás.

En 1825, en el lugar de la iglesia desmantelada, bajo la dirección del campesino Lev Trofimovich Belyaev, comenzó la construcción de una iglesia fría de piedra con campanario. Fue consagrada el 8 de diciembre de 1829 en nombre del santo obispo Esteban de Perm.

El 5 de septiembre de 1920, el consejo de Kotlas firmó un acuerdo con la comunidad de creyentes, por el cual los bienes de la iglesia se transferían a la comunidad. En junio de 1928 intentaron desmantelar la cerca para obtener ladrillos, y en 1931 las autoridades exigieron liberar una de las iglesias y tres alas esquineras. Entre 1932 y 1937, se instalaron un molino y una fábrica de aceite en las iglesias, los sacerdotes fueron exiliados, y el diácono Iván Trubachev fue fusilado.

Después de la guerra, en un período de breve deshielo, la iglesia fue devuelta a los creyentes. El 14 de septiembre de 1947, el obispo de Arkhangelsk y Kholmogory, Leontiy, nombró al sacerdote Vladimir Zhokhov como rector de la parroquia de San Esteban de Kotlas. En 1948, se trajo el iconostasio de la cerrada iglesia de Vondokurskaya a la iglesia de San Esteban, ya que el anterior había sido destruido en 1931.

Hoy en día, en el territorio de la iglesia de San Esteban se están llevando a cabo activamente trabajos de reparación y restauración. Con la bendición del obispo de Kotlas y Velsk, Vasiliy, se ha realizado una renovación capital en la iglesia inferior, dedicada a San Nicolás el Milagroso. También se está restaurando la iglesia-campanario en honor al santo obispo Esteban de Perm.