Die Geschichte der Heilig-Stephanus-Kirche beginnt im 14. Jahrhundert, als der Prediger Stephan von Perm eine orthodoxe Holzkirche an der Stelle eines heidnischen Heiligtums im Dorf Pyras errichtete. Mit der Zeit, als die Bevölkerung zunahm, wurde die Kirche zu klein, sie wurde abgerissen und eine Holzkirche mit zwei Altären wurde errichtet: zu Ehren des Heiligen Nikolaus von Myra und des Archidiakons Stephanus. Die Kirche wurde Heilig-Nikolai-Kirche genannt.

Laut einer Legende fanden die Gläubigen im 17. Jahrhundert in der Nähe der Kirche ein wundertätiges Ikone der Wladimirer Gottesmutter. An diesem Ort wurde eine Holzkirche in Form eines Zeltes zu Ehren des erschienenen Bildes erbaut, und die Kapelle wurde im Namen des Heiligen Stephanus von Großperm geweiht. Die neue Gemeinde erhielt den Namen Kotlas-Stephanus.

Am 3. August 1776 brannte die Kirche nach dem Abendgottesdienst durch einen Blitzschlag. Es gelang nur, einen Teil der Ikonen zu retten, darunter die Ikone der Wladimirer Gottesmutter.

Im Jahr 1785 wurde der Bau der steinernen Kirche zu Ehren der Wladimirer Ikone der Gottesmutter mit einer Nikolauskapelle und im Namen des Heiligen Erzmärtyrers und Archidiakons Stephanus abgeschlossen, während die alte Heilig-Nikolai-Kirche abgerissen wurde.

1825 begann unter der Leitung des Bauern Lew Trofimowitsch Beljajew der Bau einer steinernen kalten Kirche mit einem Glockenturm an der Stelle der abgerissenen Kirche. Sie wurde am 8. Dezember 1829 im Namen des Heiligen Stephanus, Bischof von Perm, geweiht.

Am 5. September 1920 schloss der Kotlas-Rat einen Vertrag mit der Gemeinde der Gläubigen, wonach das Kirchenvermögen an die Gemeinde übergeben wurde. Im Juni 1928 versuchten sie, die Umzäunung abzureißen, und 1931 forderten die Behörden die Räumung einer der Kirchen und drei Eckgebäude. In den Jahren 1932-1937 wurden in den Kirchen eine Mühle und eine Ölmühle untergebracht, die Priester wurden vertrieben, und der Diakon Ivan Trubachev wurde erschossen.

Nach dem Krieg, in einer kurzen Tauwetterperiode, wurde die Kirche den Gläubigen zurückgegeben. Am 14. September 1947 ernannte der Bischof von Archangelsk und Cholmogory, Leonid, den Priester Wladimir Schokow zum Pfarrer der Kotlas-Stephanus-Gemeinde. Im Jahr 1948 wurde der Ikonostase aus der geschlossenen Wondokur-Kirche in die Heilig-Stephanus-Kirche gebracht, da der frühere 1931 zerstört worden war.

Heute finden auf dem Gelände der Heilig-Stephanus-Kirche aktiv Renovierungs- und Restaurierungsarbeiten statt. Mit dem Segen des Bischofs von Kotlas und Velsk, Wasilij, wurde im unteren Tempel, der dem Heiligen Nikolaus von Myra gewidmet ist, eine umfassende Renovierung durchgeführt. Auch der Glockenturm zu Ehren des Heiligen Stephanus von Perm wird restauriert.