L'histoire de l'église Saint-Étienne commence au XIVe siècle, lorsque le prédicateur Étienne de Perm a construit une chapelle en bois orthodoxe à l'emplacement d'un sanctuaire païen dans le village de Pyras. Avec le temps, lorsque la population a augmenté, la chapelle est devenue trop petite, elle a été démontée et une église en bois avec deux autels a été érigée : en l'honneur de saint Nicolas le Thaumaturge et de l'archidiacre Étienne. L'église était appelée Saint-Nicolas.

Selon la légende, au milieu du XVIIe siècle, les paroissiens ont trouvé près de l'église une icône miraculeuse de la Vierge de Vladimir. À cet endroit, une église en bois à toit en forme de tente a été construite en l'honneur de l'image révélée, et une chapelle a été consacrée au nom de saint Étienne de Grande-Perm. La nouvelle paroisse a été nommée paroisse de Kotlas.

Le 3 août 1776, après le service du soir, l'église a pris feu à cause d'un coup de foudre. Seule une partie des icônes a pu être sauvée, y compris l'icône de la Vierge de Vladimir.

En 1785, la construction d'une église en pierre en l'honneur de l'icône de la Vierge de Vladimir avec une chapelle dédiée à saint Étienne le Premier Martyr et archidiacre a été achevée, et l'ancienne église Saint-Nicolas a été démolie.

En 1825, sur le site de l'ancienne église, sous la direction du paysan Léon Trofimovitch Beliayev, la construction d'une église froide en pierre avec un clocher a commencé. Elle a été consacrée le 8 décembre 1829 au nom de saint Étienne évêque de Perm.

Le 5 septembre 1920, le conseil de Kotlas a signé un accord avec la communauté des croyants, par lequel les biens de l'église étaient transférés à la communauté. En juin 1928, une tentative a été faite pour démonter la clôture en briques, et en 1931, les autorités ont exigé de libérer une des églises et trois ailes d'angle. Entre 1932 et 1937, des moulins et une huilerie ont été installés dans les églises, les prêtres ont été expulsés, et le diacre Ivan Trubachev a été exécuté.

Après la guerre, durant une courte période de dégel, l'église a été restituée aux croyants. Le 14 septembre 1947, l'évêque d'Arkhangelsk et de Kholmogory Léontiy a nommé le prêtre Vladimir Zhokhov comme recteur de la paroisse de Kotlas. En 1948, un iconostase a été amené de l'église fermée de Vondokurskaya à l'église Saint-Étienne, car l'ancien avait été détruit en 1931.

Aujourd'hui, des travaux de réparation et de restauration sont activement menés sur le territoire de l'église Saint-Étienne. Avec la bénédiction de l'évêque de Kotlas et de Vel'sk Vasily, des travaux de rénovation majeurs ont été réalisés dans l'église inférieure, dédiée à saint Nicolas le Thaumaturge. L'église-clocher en l'honneur de saint Étienne de Perm est également en cours de restauration.