История омского старообрядчества берет свое начало в начале XX века, когда в городе проживало всего 10 семей старообрядцев. После аграрной реформы Столыпина 1905 года в Омск переехало около 50 сторонников "двухперстного" крещения из разных уголков страны. Пять лет спустя была создана церковная община во имя святителя Николы.

Городские власти бесплатно выделили участок на улице 4-я Линия для строительства молитвенного дома. Со временем количество прихожан в старообрядческом храме увеличилось, и в 1915 году было принято решение о возведении нового каменного здания.

Однако массовые репрессии в конце 1930-х годов резко оборвали развитие старообрядчества. До 1995 года верующие вынуждены были ездить в Новосибирск для молитв.

Восстановление Старообрядческой общины произошло 14 сентября 1995 года. Отец Павел вспоминает, как они начали искать здание под храм. После долгих поисков и множества отказов удалось арендовать на 10 лет двухэтажное здание на улице Щетинкина, 10, хоть и в аварийном состоянии, но в центре города.

Через три года ремонта на крыше храма были установлены купол и святой крест, что сделало его заметным издалека. В том же году состоялось торжественное освящение Омского Свято-Никольского Храма.