La historia del viejo rito en Omsk se remonta a principios del siglo XX, cuando en la ciudad vivían solo 10 familias de viejos creyentes. Tras la reforma agraria de Stolypin en 1905, alrededor de 50 partidarios del bautismo "de dos dedos" se mudaron a Omsk desde diferentes rincones del país. Cinco años después, se creó una comunidad religiosa en nombre del santo Nicolás.

Las autoridades de la ciudad asignaron gratuitamente un terreno en la calle 4ª Línea para la construcción de una casa de oración. Con el tiempo, el número de feligreses en el templo viejo creyente aumentó, y en 1915 se tomó la decisión de construir un nuevo edificio de piedra.

Sin embargo, las represiones masivas a finales de la década de 1930 interrumpieron drásticamente el desarrollo del viejo rito. Hasta 1995, los creyentes se vieron obligados a viajar a Novosibirsk para orar.

La restauración de la comunidad viejo creyente ocurrió el 14 de septiembre de 1995. El padre Pavel recuerda cómo comenzaron a buscar un edificio para el templo. Después de largas búsquedas y muchos rechazos, lograron alquilar durante 10 años un edificio de dos pisos en la calle Shchetinkina, 10, aunque en estado de emergencia, pero en el centro de la ciudad.

Después de tres años de reparaciones, se instalaron la cúpula y la cruz santa en el techo del templo, lo que lo hizo visible desde lejos. Ese mismo año se llevó a cabo la solemne consagración del Templo Santo Nicolás de Omsk.