Die Geschichte der altgläubigen Gemeinschaft in Omsk beginnt zu Beginn des 20. Jahrhunderts, als in der Stadt nur 10 Familien von Altgläubigen lebten. Nach der Agrarreform von Stolypin im Jahr 1905 zogen etwa 50 Anhänger der "zweifingrigen" Taufe aus verschiedenen Teilen des Landes nach Omsk. Fünf Jahre später wurde eine Kirchengemeinde zu Ehren des Heiligen Nikolaus gegründet.

Die Stadtverwaltung stellte kostenlos ein Grundstück in der 4. Linie für den Bau eines Gebetshauses zur Verfügung. Im Laufe der Zeit wuchs die Zahl der Gemeindemitglieder in der altgläubigen Kirche, und 1915 wurde beschlossen, ein neues Steingebäude zu errichten.

Die massiven Repressionen Ende der 1930er Jahre brachten jedoch die Entwicklung des Altgläubigen abrupt zum Stillstand. Bis 1995 waren die Gläubigen gezwungen, nach Nowosibirsk zu reisen, um zu beten.

Die Wiederherstellung der altgläubigen Gemeinde fand am 14. September 1995 statt. Vater Pawel erinnert sich, wie sie begannen, nach einem Gebäude für die Kirche zu suchen. Nach langen Suchen und vielen Absagen gelang es, für 10 Jahre ein zweigeschossiges Gebäude in der Straße Schjetinkina 10 zu mieten, auch wenn es sich in einem maroden Zustand befand, aber im Stadtzentrum.

Nach drei Jahren Renovierung wurden auf dem Dach der Kirche eine Kuppel und ein heiliger Kreuz installiert, was sie von weitem sichtbar machte. Im selben Jahr fand die feierliche Einweihung der Omsker Heilig-Nikolai-Kirche statt.