В 1780 году на высоком берегу нынешней реки Московка, ранее известной как Туросна, поселенцы из посада Клинцы завершили строительство деревянного храма Вознесения Господня. На этом месте ранее находилась Вознесенская часовня, точная дата постройки которой неизвестна. В 1760 году она была освящена как храм Преподобного Сергия Радонежского, но сгорела во время пожара 1776 года. Известно, что часовня была построена старообрядцами, которые с разрешения Петра Первого поселились здесь в 1708 году. Рядом с храмом Вознесения в 1804 году была возведена многоярусная колокольня и заложен храм Архистратига Михаила, строительство которого завершилось в 1826 году. Колокольню жители Клинцов называли самым высоким деревянным строением в России. Вместе с крестом её высота составляла 25 саженей, или 54 метра, и звонарю приходилось преодолевать 150 ступеней, чтобы добраться до звонницы.

В 1813 году на колокольне установили часы. Начало каждого нового часа отмечалось ударом большого колокола, а четверти часа, перезвоном малых колоколов. К 1904 году на территории посада, помимо храмов, открылись две приходские школы: в 1895 году для мальчиков и в 1904 году для девочек. В 1912 году была построена каменная Никольская надвратная часовня.

С 1908 года на основе посада Клинцы был возрождён Успенский женский монастырь, ранее находившийся в окрестностях Клинцов и закрытый в 1848 году. Он просуществовал до 1928 года. В 1930 году оба храма были закрыты, а оставшееся имущество реквизировано. Колокольня была разобрана на стройматериалы, а часы переплавлены. В 1930-х годах на территории посада располагался лагерь для раскулаченных крестьян, затем пригородное хозяйство городского здравотдела и подсобное хозяйство Треста общественного питания. В 1972 году остатки территории посада с Никольской часовней были переданы в аренду общине Троицкой церкви, утратившей свой храм при пожаре. Часовня была переустроена и освящена как церковь Николая Чудотворца.

В 1995 году здание было передано в ведение Русской Православной Церкви. В 2005 году по определению Священного Синода был образован Святой-Никольский Клинцовский женский монастырь.