Первые документальные упоминания о Спасском храме относятся к 1780-м годам и содержатся в Экономических примечаниях к Генеральному межеванию 1778-1796 годов. Там говорится: «Погост церкви Спаса Преображения Господня; три десятины, владения священнослужителей; на суходоле в погосте церковь деревянная».

В «Ведомостях» о церкви Спаса Преображения за 1897 год указано, что церковь была «открыта» в 1778 году. В Государственном архиве Орловской области хранятся метрические книги и книги о церковном приходе, начиная с 1780 года.

И. Ф. Рында в статье «Черты из жизни И. С. Тургенева» писал, что в прошлом столетии в селе стояла старая деревянная церковь, при которой с 1780 года служили священники и два причетника. Несмотря на наличие 12 богатых помещиков в Спасском приходе, никто из них не заботился о храме. Лишь И. И. Лутовинов обратил на него внимание и, видя, что церковь разрушается, в 1808 году построил новую каменную церковь.

Новая каменная церковь была построена вместе с усадьбой, и храм перенесли с погоста на господскую землю. Погост в то время означал церковную территорию вне населенных пунктов. Для церковной усадьбы выделили три с половиной десятины земли. На месте старой деревянной церкви была построена фамильная часовня.

Церковь Спаса Преображения как архитектурный памятник заслуживает внимания. Она была создана опытным мастером, который использовал классические формы и пропорции. В не изданном томе «Свода памятников истории и культуры по Орловской области» церковь в Спасском-Лутовинове описывается как «интересный образец небольшого усадебного храма начала 19 века в стиле зрелого классицизма».

Новый храм Спаса Преображения был освящён 26 июня 1809 года ректором Севской семинарии Дионисием. В церкви было два придела: один в честь святителя Николая, другой, великомученика Никиты, поэтому в Спасском было два храмовых праздника: Преображение Господне 6/19 августа и Никитин день 15/28 сентября.

И. И. Лутовинов сделал значительные пожертвования на обустройство храма, подарив церкви серебряные вещи и купив все необходимые одежды для церкви и священнослужителей. В храме был хор из 36 человек, который пел по рукописным нотам.

К сожалению, сведений о внутреннем убранстве храма сохранилось мало. Вероятно, церковь не отличалась пышным убранством, фресковыми росписями. Стены были расписаны «под мрамор», иконостас был полукруглый и резной.

В алтаре находилось мраморное распятие, привезённое из Италии и подаренное Варварой Петровной Тургеневой. В храме была табличка с именами создателей и жертвователей храма, где позже было добавлено имя И. С. Тургенева.

16 января 1816 года в храме венчались Варвара Петровна Лутовинова и Сергей Николаевич Тургенев.

Среди священников выделяется Фёдор Иванович Гедеоновский, который оказал влияние на Ивана Тургенева. Отец Фёдор был первым священником, запомнившимся Тургеневу, и, возможно, его образ отразился в произведениях писателя.

По словам И. Ф. Рынды, рассказы другого священника, Бориса Глебовича Преображенского, были воспроизведены Тургеневым в «Рассказе отца Алексея».

В конце XIX века Спасская церковь впечатляла своей архитектурой, чистотой и иконостасом. В 1924 году, при передаче храма религиозной общине, в нём было множество икон, престолов и церковной утвари.

Настенные росписи сохранялись до музейного периода. Современники вспоминали изображения серафимов и херувимов, сцены Страшного суда и Голгофы, которые были уничтожены при реставрации в 1970-х годах.

Вокруг храма было небольшое кладбище. Слева от алтаря хоронили священнослужителей, справа, именитых прихожан, включая младшего брата писателя Сергея Тургенева.

В начале 1930-х годов храм был закрыт, иконостас и утварь разграблены, колокольня снесена. Здание использовалось как склад. Внешний вид храма был восстановлен в 1970-х годах, после чего он стал выставочным залом музея.

После реставрации, длившейся более трёх лет, 9 ноября 2000 года храм Спаса Преображения был вновь освящён и открыт для прихожан и посетителей музея.