Каменный храм был построен прихожанами в 1685 году. Ранее на этом месте находилась деревянная церковь в честь Рождества Богородицы с приделом Святителя Николая Чудотворца.

В 1649 году к Богородично-Рождественскому приходу присоединились жители Никитской слободы. Их переселили в разоренную в Смутное время Калугу по указу Ивана Никитича Романова из торгового села Спасского (ныне Киевка). По просьбе новых прихожан, в память о храме села Спасского, придел святителя Николая был заменен на придел великомученика Никиты, поэтому храм и получил название Никитский. После пожара 1754 года храм был восстановлен в 1755 году. В 1820 году к нему добавили придел во имя святителя Иоанна Златоуста.

Храм имел массивный четверик с декоративными полуколоннами по углам, наличниками, широким карнизом и ложными закомарами. По обеим сторонам алтаря, у боковых входов, были устроены галереи из колоннад, по десять колонн в каждой. Колокольня была восьмигранной и четырехъярусной. Никитский храм признан памятником архитектуры и градостроительства местного значения (решение Калужского облисполкома № 35 от 4 апреля 1991 года).

С момента образования Калужской епархии и до завершения строительства Свято-Троицкого кафедрального собора с 1799 по 1819 год в этом храме размещалась кафедра правящих Калужских архиереев. В храме почитались несколько древних икон, включая образ великомученика Никиты (XVII век).

Храм был закрыт в 1920-е годы. Первоначально его использовало военное ведомство как склад. В марте 1929 года по предложению фракции ВКП(б) городского совета были снесены верхние ярусы колокольни и центральный купол, а сам храм переоборудован. С 1939 года в храме размещался кинотеатр «Пионер». В 1990-е годы здесь также находились коммерческие структуры.

С 1993 года Епархия неоднократно обращалась с просьбами о возвращении храма для его восстановления и возобновления богослужений. Лишь в октябре 2004 года решением Городской Думы Калуги храм был передан Калужской епархии.

В январе 2005 года работы по восстановлению храма были поручены диакону Алексею Пелевину.

Восстановительные работы начались в апреле 2005 года. Перед отцом Алексеем стояло множество задач: разборка внутренних перегородок, вывоз мусора, внутренняя отделка помещений, укрепление фундамента, восстановление маковок четверика, установка крестов и куполов, строительство колокольни, приобретение церковной утвари и благоустройство сквера рядом с храмом.

На Пасху 2005 года была открыта церковная лавка.

28 сентября 2005 года после более чем 80-летнего перерыва в Никитском храме прошло первое богослужение (молебен с акафистом), которое совершили архимандрит Никита (Ананьев) и священник Алексей Пелевин.

18 января 2006 года состоялась первая Божественная литургия.

На Благовещение 2009 года с колокольни Никитского храма прозвучал первый колокольный звон.

При храме действует просторная православная библиотека, где могут собираться для чтения как взрослые, так и дети. В ее помещении проводятся конференции, православные беседы и встречи. Библиотечный фонд постоянно пополняется новыми книгами.

Для прихожан храма организована воскресная школа. Занятия рассчитаны как на детей, так и на взрослых. На базе воскресной школы функционирует духовно-просветительский центр.