Церковь Рождества Иоанна Предтечи в Благовещенской слободе была основана в XV веке. Согласно преданию, до 1612 года в приходе церкви проживал Кузьма Минин. Деревянная церковь сгорела в пожаре 1715 года, но благодаря усилиям прихожан в 1721-1725 годах была возведена каменная церковь. В 1876 году она была перестроена.

Церковь располагалась в Благовещенской слободе, неподалеку от Благовещенского монастыря и Ромодановского вокзала, на улице, которая сейчас называется Черниговской. По преданию, жители слободы поставили часовню на месте казни разбойника Сулейки. В XV веке часовня была преобразована в церковь во имя святого Иоанна Предтечи. В документах 1621 и 1622 годов она упоминается как ветхая церковь.

В пожаре 1715 года вместе с церковью сгорела и деревянная Введенская церковь. На их месте в 1721-1725 годах, при архиепископе Питириме, была построена каменная Предтеченская церковь. Престолы в храме были освящены в память прежних церквей: главный в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, а придельные в трапезной, в честь Рождества Иоанна Предтечи и Всех Святых.

На погосте церкви была похоронена Мария Ивановна Хлопова, невеста царя Михаила Федоровича и прихожанка церкви. В храме хранилась чудотворная икона Божией Матери «Кипрская», остановившая эпидемию в 1771 году.

21 ноября 1918 года было заключено соглашение о пользовании зданием церкви, в котором числилось 275 членов общины. 25 июля 1928 года Нижгорсовет решил закрыть церковь и приспособить её под рабочий клуб. 10 сентября 1928 года специальная комиссия осмотрела здание и обнаружила трещины, указывающие на отрыв алтаря. Комиссия постановила, что восстановление здания требует значительных средств и нецелесообразно, поэтому церковь была разобрана. Представитель верующих не возражал против этого решения.

В 1983 году здание было значительно перестроено под административные нужды. Сохранили колокольню и часть трапезной, которые вошли в состав трёхэтажного административного здания, где разместился Комитет по охране окружающей среды и природных ресурсов Нижегородской области. В настоящее время ведётся реставрация сохранившейся части церкви и воссоздание её первоначального облика.