Храм пророка Илии представляет собой одноэтажное здание небольших размеров, выполненное в форме квадрата с полукруглым алтарем. Для строительства использовался массивный кирпич. К церкви примыкают два дополнительных помещения, которые ранее служили больничной палатой и трапезной с кухней. Эти здания возводились в разное время, что заметно по стыкам между ними. Между церковью и палатами имеется "слуховой проем", закрытый металлической решеткой, чтобы пациенты могли слышать и видеть церковные службы.

Северо-восточная часть монастырского двора, где находятся больничные палаты и Ильинская церковь, стала местом захоронения погибших в боях 1610 года. Легенда о существовании кладбища на этом месте подтвердилась в 1955-1960 годах во время строительства водонапорной башни и прокладки водопроводных труб. Таким образом, храм пророка Илии с больничными палатами, возведенный на останках предков, служит памятником героям, павшим в сражениях за Родину.

В память о трагических событиях 1610 года, когда поляки разрушили монастырь и убили всех его защитников, рядом с храмом пророка Илии был установлен каменный поклонный крест. С этого храма началась новая история монастыря в конце XX века. В 1991 году, после передачи Пафнутьева монастыря Калужской епархии советской властью, монахи вернулись в обитель и начали проводить первые богослужения в этом храме. 13 апреля 1991 года состоялось освящение Ильинской церкви с больничными палатами, в престол были помещены мощи святого Харалампия, епископа Магнезийского.