L'église du prophète Élie est un bâtiment de plain-pied de petite taille, de forme carrée avec un autel semi-circulaire. La construction a utilisé des briques massives. Deux pièces supplémentaires, qui servaient auparavant de salle d'hôpital et de réfectoire avec cuisine, sont adjacentes à l'église. Ces bâtiments ont été érigés à des époques différentes, ce qui est visible aux joints entre eux. Entre l'église et les salles, il y a une "ouverture d'écoute", fermée par une grille métallique, permettant aux patients d'entendre et de voir les services religieux.

La partie nord-est de la cour du monastère, où se trouvent les salles d'hôpital et l'église d'Élie, est devenue un lieu de sépulture pour ceux qui sont tombés au combat en 1610. La légende de l'existence d'un cimetière à cet endroit a été confirmée entre 1955 et 1960 lors de la construction d'un réservoir d'eau et de l'installation de conduites d'eau. Ainsi, l'église du prophète Élie avec les salles d'hôpital, érigée sur les restes de nos ancêtres, sert de monument aux héros tombés au combat pour la Patrie.

En mémoire des événements tragiques de 1610, lorsque les Polonais ont détruit le monastère et tué tous ses défenseurs, une croix de pierre a été érigée près de l'église du prophète Élie. C'est de cette église qu'a commencé une nouvelle histoire du monastère à la fin du XXe siècle. En 1991, après le transfert du monastère de Pafnoutiev à l'Éparchie de Kalouga par le pouvoir soviétique, les moines sont revenus dans la communauté et ont commencé à célébrer les premiers offices dans cette église. Le 13 avril 1991, la consécration de l'église d'Élie avec les salles d'hôpital a eu lieu, et les reliques de saint Charalampe, évêque de Magnésie, ont été placées dans le sanctuaire.