La iglesia del profeta Elías es un edificio de una sola planta de pequeñas dimensiones, construido en forma de cuadrado con un altar semicircular. Se utilizó ladrillo macizo para la construcción. A la iglesia se adosan dos habitaciones adicionales, que anteriormente servían como sala de hospital y comedor con cocina. Estos edificios fueron levantados en diferentes épocas, lo que es evidente en las juntas entre ellos. Entre la iglesia y las salas hay un "orificio de escucha", cerrado con una reja de metal, para que los pacientes pudieran oír y ver los servicios religiosos.

La parte noreste del patio del monasterio, donde se encuentran las salas de hospital y la iglesia de Elías, se convirtió en un lugar de enterramiento de los caídos en las batallas de 1610. La leyenda sobre la existencia de un cementerio en este lugar se confirmó entre 1955 y 1960 durante la construcción de un tanque de agua y la instalación de tuberías de agua. Así, la iglesia del profeta Elías con las salas de hospital, erigida sobre los restos de los antepasados, sirve como un monumento a los héroes que cayeron en las batallas por la Patria.

En memoria de los trágicos eventos de 1610, cuando los polacos destruyeron el monasterio y mataron a todos sus defensores, se erigió una cruz de piedra junto a la iglesia del profeta Elías. Desde esta iglesia comenzó una nueva historia del monasterio a finales del siglo XX. En 1991, tras la entrega del monasterio de Pafnutiev a la diócesis de Kaluga por parte del poder soviético, los monjes regresaron al monasterio y comenzaron a realizar los primeros servicios en esta iglesia. El 13 de abril de 1991 se llevó a cabo la consagración de la iglesia de Elías con las salas de hospital, y en el altar se colocaron las reliquias de San Haralampio, obispo de Magnesia.