Храм Покрова Пресвятой Богородицы в Измайлове был возведен в 1671, 1679 годах на месте старой деревянной церкви, которая оставалась от поместья Никиты Романова. Строительство велось под руководством подмастерья каменных дел Ивана Кузнечика, а работы выполняли волжские мастера братья Медведевы. Изразцовое убранство с узором «павлинье око» создал известный мастер Степан Полубес. Иконостас был изготовлен в мастерской Симона Федоровича Ушакова.

В ноябре 1837 года император Николай I распорядился создать на острове крупную военную богадельню. В 1918 году ее закрыли, а в 1924 и 1926 годах здания переоборудовали в коммунальные квартиры для сотрудников авиационного завода «Салют». В бывшей богадельне проживало более 2500 человек. В храме разместили склад, а конструкции иконостаса уничтожили. Сохранились только большие иконы, которые использовали как полки. В 1960-е годы краевед Александр Кузнецов обнаружил эти иконы, и они были переданы в Музей древнерусского искусства. В 1970, 1980-е годы в соборе находился склад НИИ «Информэлектро». Храм вновь стал действующим в 1990-е годы. В 2001, 2002 годах был создан новый иконостас, в который вернули несколько сохранившихся икон работы Симона Ушакова.