L'église de la Protection de la Sainte Vierge à Izmaïlovo a été construite en 1671-1679 à l'emplacement d'une ancienne église en bois, qui était restée de la propriété de Nikita Romanov. La construction a été dirigée par l'apprenti maçon Ivan Kouznetski, et les travaux ont été réalisés par les maîtres de la Volga, les frères Medvedev. La décoration en carreaux avec le motif « œil de paon » a été créée par le célèbre maître Stepan Poloubes. L'iconostase a été fabriquée dans l'atelier de Simon Fiodorovitch Ouchakov.

En novembre 1837, l'empereur Nicolas Ier a ordonné la création d'un grand hospice militaire sur l'île. En 1918, il a été fermé, et en 1924 et 1926, les bâtiments ont été réaménagés en appartements communaux pour les employés de l'usine aéronautique « Salout ». Plus de 2500 personnes vivaient dans l'ancien hospice. L'église a été transformée en entrepôt, et les structures de l'iconostase ont été détruites. Seules de grandes icônes ont été conservées, utilisées comme étagères. Dans les années 1960, l'historien local Alexandre Kouznetsov a découvert ces icônes, et elles ont été transférées au Musée des arts anciens russes. Dans les années 1970 et 1980, l'église abritait un entrepôt de l'Institut de recherche « Informélectro ». L'église est redevenue active dans les années 1990. En 2001 et 2002, un nouvel iconostase a été créé, restituant plusieurs icônes conservées de Simon Ouchakov.