Усадьба "Ясенево" является одной из старейших в Москве. В её составе находится храм первоверховных апостолов Петра и Павла, первые упоминания о котором относятся к началу XVII века. В 1628-1629 годах по указу царя Михаила Федоровича в Ясеневе была построена деревянная церковь мученицы Софии и её дочерей Веры, Надежды и Любови. В 1674 году царь Алексей Михайлович распорядился возвести рядом с ней новую, более крупную церковь Знамения Пресвятой Богородицы, которая включала два придела: святителя Николая Чудотворца и мученицы Софии с дочерьми. В 1751 году Ф.А. Лопухин получил разрешение на строительство новой церкви, которая стала примером монументальной барочной архитектуры и датируется первой половиной 1750-х годов.

Церковь пережила Отечественную войну 1812 года, когда в Ясеневе побывали французские войска. Одним из значительных событий стало венчание 9 июля 1822 года графа Николая Ильича Толстого и княжны Марии Николаевны Волконской в присутствии семьи С.И. Гагарина и других знатных гостей.

В 1832 году к храму был пристроен боковой придел в честь святой великомученицы Варвары и колокольня. В 1860-61 годах была проведена реконструкция, исправившая недостатки предыдущей постройки. В результате храм приобрёл трёхчастную осевую симметричную композицию "храм-притвор-колокольня". В окончательном виде он имел три престола: центральный в честь апостолов Петра и Павла, южный в честь преподобного Сергия Радонежского и северный в честь святой великомученицы Варвары.

В 1930-х годах храм был закрыт и использовался как склад, а затем пустовал. В 1973-76 годах была проведена внешняя реставрация, установлены кресты. В 1989 году храм был возвращён Православной Церкви и передан приходу. В 1990-х годах его облик изменился за счёт новых декоративных элементов. С 1997 года храм стал Московским подворьем Свято-Введенской Оптиной Пустыни.