После революции 1917 года многие русские эмигранты поселились во Франции, в том числе в Лионе. В 1924 году генерал Павел Максимович-Васильковский прибыл в Лион и устроил в своей квартире православную церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы, где начал служить священник Андрей Мишин. Вскоре в городе сформировалась община, которая арендовала зал в центре и установила там походный иконостас.

В 1926 году, после раскола русской православной эмиграции в Западной Европе, Покровский храм остался под управлением митрополита Евлогия (Георгиевского). Однако часть русских в Лионе предпочла остаться в юрисдикции Архиерейского Синода под председательством митрополита Антония (Храповицкого). Они планировали построить каменный храм в память о русских воинах, но средств не хватило. В итоге нашли деревянный барак на улице Барабан, и 11 мая 1928 года был основан новый храм, посвящённый святителю Николаю Чудотворцу. Священник Виктор Пушкин был направлен в Лион, а иконостас написала прихожанка Людмила Галич.

С приходом к власти во Франции в 1936 году Народного Фронта русским эмигрантам стало тяжело. Были распущены организации, и оказывалось содействие советской контрразведке. Протопресвитер Виктор Пушкин получал угрозы, и в ночь на 13 июня 1937 года храм сгорел. Несмотря на трудности, было решено строить каменный храм. После долгих поисков 7 мая 1938 года началось строительство нового храма на 200 человек. Протопресвитер Виктор стал вдохновителем проекта, а архитектором был Сергей Баздерев. Француз Жюль Рош ссудил 50 тысяч франков. Храм строили своими руками, несмотря на войну и экономические трудности.

31 августа 1945 года приход перешёл в юрисдикцию Московского Патриархата, а 5 мая 1946 года храм был освящён. В 1948 году приход вернулся в юрисдикцию РПЦЗ. После войны из-за финансовых трудностей отделка храма шла медленно. С 1950 по 1953 год в храме служил архимандрит Антоний (Бартошевич), который расписал иконостас. В 1970-е годы обрушился потолок, и ремонт потребовал больших затрат.

В 1978 и 1980 годах был построен новый церковный дом, а в 1981 году храм облицевали и покрасили купол. В 2000 году актив прихода выступил против примирения с Церковью в Отечестве и в 2001 году присоединился к неканонической РПЦЗ(В). В 2002 году часть прихожан вернулась в каноническую РПЦЗ, основав домовой храм мученика Иоанна Русского.

В 2006 году приход перешёл под омофор Русской Истинно-Православной Церкви. В 2010 году вместе с епископом Иринеем (Клипенштейном) приход перешёл в неканоническую юрисдикцию РПЦЗ под омофором Агафангела (Пашковского). В 2012 году Ириней докладывал о хорошем состоянии прихода, регулярных богослужениях и наличии кандидатов в священство.