Après la révolution de 1917, de nombreux émigrés russes se sont installés en France, notamment à Lyon. En 1924, le général Pavel Maksimovich-Vasilkovsky est arrivé à Lyon et a établi dans son appartement une église orthodoxe en l'honneur de la Protection de la Sainte Vierge, où le prêtre Andreï Michine a commencé à servir. Bientôt, une communauté s'est formée dans la ville, qui a loué une salle au centre et y a installé un iconostase temporaire.

En 1926, après la scission de l'émigration orthodoxe russe en Europe de l'Ouest, l'église de la Protection est restée sous la direction de l'archevêque Evlogy (Georgievsky). Cependant, une partie des Russes à Lyon a préféré rester sous la juridiction du Synode des évêques présidé par l'archevêque Antoniy (Khrapovitsky). Ils avaient prévu de construire une église en pierre en mémoire des soldats russes, mais les fonds manquaient. Finalement, ils ont trouvé un baraquement en bois rue Baraban, et le 11 mai 1928, une nouvelle église dédiée à saint Nicolas le Thaumaturge a été fondée. Le prêtre Viktor Pouchkine a été envoyé à Lyon, et l'iconostase a été peinte par la paroissienne Lioudmila Galitch.

Avec l'arrivée au pouvoir en France en 1936 du Front populaire, les émigrés russes ont commencé à rencontrer des difficultés. Les organisations ont été dissoutes, et une aide a été apportée à la contre-espionnage soviétique. Le protodiacre Viktor Pouchkine a reçu des menaces, et dans la nuit du 13 juin 1937, l'église a brûlé. Malgré les difficultés, il a été décidé de construire une église en pierre. Après de longues recherches, le 7 mai 1938, la construction d'une nouvelle église pour 200 personnes a commencé. Le protodiacre Viktor est devenu l'inspirateur du projet, et l'architecte était Sergueï Bazderev. Le Français Jules Roche a prêté 50 000 francs. L'église a été construite de ses propres mains, malgré la guerre et les difficultés économiques.

Le 31 août 1945, la paroisse est passée sous la juridiction du Patriarcat de Moscou, et le 5 mai 1946, l'église a été consacrée. En 1948, la paroisse est revenue sous la juridiction de l'Église orthodoxe russe à l'étranger (ROCOR). Après la guerre, en raison de difficultés financières, les travaux de finition de l'église ont avancé lentement. De 1950 à 1953, l'archimandrite Antoniy (Bartoshevich) a servi dans l'église, qui a peint l'iconostase. Dans les années 1970, le plafond s'est effondré, et les réparations ont nécessité des coûts importants.

En 1978 et 1980, une nouvelle maison paroissiale a été construite, et en 1981, l'église a été revêtue et le dôme a été peint. En 2000, l'actif de la paroisse s'est opposé à la réconciliation avec l'Église en Patrie et en 2001, a rejoint la ROCOR non canonique (V). En 2002, une partie des paroissiens est revenue à la ROCOR canonique, fondant une église domestique en l'honneur du martyr Jean de Russie.

En 2006, la paroisse est passée sous l'omophore de l'Église orthodoxe russe véritablement orthodoxe. En 2010, avec l'évêque Irénée (Klipenstein), la paroisse est passée sous la juridiction non canonique de la ROCOR sous l'omophore d'Agafangel (Pashkovsky). En 2012, Irénée a rapporté sur le bon état de la paroisse, les services réguliers et la présence de candidats au sacerdoce.