Después de la revolución de 1917, muchos emigrantes rusos se establecieron en Francia, incluyendo Lyon. En 1924, el general Pavel Maximovich-Vasilkovsky llegó a Lyon y organizó en su apartamento una iglesia ortodoxa en honor a la Protección de la Santísima Virgen, donde comenzó a servir el sacerdote Andrei Mishin. Pronto se formó una comunidad en la ciudad, que alquiló un salón en el centro y estableció allí un iconostasio portátil.

En 1926, tras la división de la emigración ortodoxa rusa en Europa Occidental, la iglesia de la Protección quedó bajo la administración del metropolitano Evlogio (Georgievsky). Sin embargo, parte de los rusos en Lyon prefirió permanecer bajo la jurisdicción del Sínodo Arzobispal presidido por el metropolitano Antonio (Jrapovitsky). Planeaban construir una iglesia de piedra en memoria de los soldados rusos, pero no había suficientes fondos. Al final, encontraron un barracón de madera en la calle Baraban, y el 11 de mayo de 1928 se fundó una nueva iglesia dedicada al santo Nicolás el Milagroso. El sacerdote Víctor Pushkin fue enviado a Lyon, y el iconostasio fue pintado por la feligresa Lyudmila Galich.

Con la llegada al poder en Francia en 1936 del Frente Popular, los emigrantes rusos enfrentaron dificultades. Se disolvieron organizaciones y se brindó apoyo a la contrainteligencia soviética. El protosincero Víctor Pushkin recibió amenazas, y en la noche del 13 de junio de 1937, la iglesia se incendió. A pesar de las dificultades, se decidió construir una iglesia de piedra. Después de largas búsquedas, el 7 de mayo de 1938 comenzó la construcción de una nueva iglesia para 200 personas. El protosincero Víctor fue el inspirador del proyecto, y el arquitecto fue Sergey Bazderev. El francés Jules Roche prestó 50 mil francos. La iglesia fue construida con sus propias manos, a pesar de la guerra y las dificultades económicas.

El 31 de agosto de 1945, la parroquia pasó a la jurisdicción del Patriarcado de Moscú, y el 5 de mayo de 1946, la iglesia fue consagrada. En 1948, la parroquia regresó a la jurisdicción de la RPTsZ. Después de la guerra, debido a dificultades financieras, la decoración de la iglesia avanzaba lentamente. Desde 1950 hasta 1953, el archimandrita Antonio (Bartoshevich) sirvió en la iglesia, quien pintó el iconostasio. En la década de 1970, el techo colapsó, y la reparación requirió grandes gastos.

En 1978 y 1980 se construyó un nuevo edificio parroquial, y en 1981 la iglesia fue revestida y se pintó la cúpula. En 2000, el activo de la parroquia se opuso a la reconciliación con la Iglesia en la Patria y en 2001 se unió a la RPTsZ(V) no canónica. En 2002, parte de los feligreses regresó a la RPTsZ canónica, fundando una iglesia doméstica en honor al mártir Juan el Ruso.

En 2006, la parroquia pasó bajo el omóforo de la Iglesia Verdaderamente Ortodoxa Rusa. En 2010, junto con el obispo Irineo (Klipenshtein), la parroquia pasó a la jurisdicción no canónica de la RPTsZ bajo el omóforo de Agafangel (Pashkovsky). En 2012, Irineo informó sobre el buen estado de la parroquia, los servicios regulares y la existencia de candidatos al sacerdocio.