Церковь, посвященная Иверской иконе Божией Матери, с приделами в честь московских святителей и святителя Николая Чудотворца, а также мученицы царицы Александры, была заложена 13 (25) октября 1899 года в память о коронации императора Николая II.

Ее строительство длилось три года на средства орловских железнодорожников при поддержке Московского общества хоругвеносцев. Проектировал здание архитектор Н.И. Орлов в "русском стиле". В последний год строительства пришлось брать в долг. Работами руководил талантливый инженер Ф.П. Степанов. Главный престол церкви был освящен в октябре 1902 года. В 1903 году Николай II пожертвовал 1000 рублей на погашение долгов, накопленных во время строительства, а полностью расплатиться удалось только в 1906 году. Церковь, построенная из красного кирпича, считалась одной из самых красивых в Орле.

В 1923 году церковь закрыли и передали под железнодорожную школу. Позже в ней размещались поликлиника и детский сад. Во время войны здание сильно пострадало. После освобождения Орла от немецко-фашистских захватчиков полуразрушенное здание использовалось как склад, керосиновая лавка и пункт приема стеклотары. В 1990 году церковь передали общине верующих, а в 1992 году после реконструкции был освящен главный престол. В 2005 году на Наугорском кладбище Орла построили и освятили храм в честь иконы Божией Матери "Взыскание погибших", который стал частью Иверской церкви.