Первое упоминание о деревянных церквях Богоявления и Николая Чудотворца на погосте Ляли встречается в дозорной книге 1608 года. В переписной книге Яренского уезда 1648 года также упоминаются эти церкви, но у Никольского храма уже шатровый верх. Указывается, что в церквях имеются иконы, книги, свечи, ризы, церковные сосуды, колокола и все церковное имущество, приобретенное на средства крестьянской общины.

В переписной книге 1678 года упоминается только Богоявленская церковь без указания ее типа. Ведомости о церквях и священниках Яренска и уезда за 1798 год снова упоминают два Ляльских храма, которые сгорели 8 мая того же года. Согласно Клировой ведомости Ляльской Богоявленской церкви за 1907 год, существующая каменная церковь была построена в 1852-1856 годах вместо деревянной, которая, по преданию, была современна Усть-Вымским церквам. Вероятно, жителям Ляльского удалось восстановить только один из сгоревших храмов, который был современен Михайло-Архангельской церкви (1795-1806 годы) на Усть-Выми. Каменная церковь имела три престола: в верхнем холодном храме во имя Нерукотворного Образа Спаса (освящен 25 сентября 1857 года), в нижнем теплом справа во имя Богоявления Господня (освящен в декабре 1857 года), слева во имя святого Николая Чудотворца (освящен в июне 1888 года).

Богоявленский храм был закрыт последним в Коми АССР в конце 1941 года в условиях гонений на церковь. После закрытия его использовали как склад. В 1992 году здание передали в безвозмездное пользование местной православной общине, а Постановлением Госсовета Республики Коми от 24 марта 1999 года оно было возвращено Сыктывкарской и Воркутинской епархии Московского Патриархата Русской Православной церкви. Проект реставрации архитектурной части здания разработал архитектор А.Л. Смышляев из ПИ «Спецпроектреставрация», Москва.