La première mention des églises en bois de l'Épiphanie et de Nicolas le Miracle-Faire à Lyal apparaît dans le livre de surveillance de 1608. Le livre de recensement du district de Yaren en 1648 mentionne également ces églises, mais le temple de Nicolas a déjà un toit en forme de tente. Il est indiqué que les églises possédaient des icônes, des livres, des bougies, des ornements, des vases liturgiques, des cloches et tout le mobilier ecclésiastique acquis grâce aux fonds de la communauté paysanne.

Le livre de recensement de 1678 mentionne uniquement l'église de l'Épiphanie sans préciser son type. Les rapports sur les églises et les prêtres de Yaren et du district de 1798 mentionnent à nouveau les deux églises de Lyal, qui ont brûlé le 8 mai de la même année. Selon le rapport clérical de l'église de l'Épiphanie de Lyal de 1907, l'église en pierre existante a été construite entre 1852 et 1856 pour remplacer l'édifice en bois, qui, selon la tradition, était contemporain des églises d'Ust-Vym. Il est probable que les habitants de Lyal n'aient réussi à restaurer qu'un seul des temples brûlés, qui était contemporain de l'église de l'archange Michel (1795-1806) à Ust-Vym. L'église en pierre avait trois autels : dans le temple supérieur froid au nom de l'Image Non-Faite du Sauveur (consacré le 25 septembre 1857), dans le temple inférieur chaud à droite au nom de l'Épiphanie du Seigneur (consacré en décembre 1857), à gauche au nom de saint Nicolas le Miracle-Faire (consacré en juin 1888).

Le temple de l'Épiphanie a été fermé en dernier dans la République socialiste soviétique autonome des Komis à la fin de 1941 dans un contexte de persécution de l'Église. Après sa fermeture, il a été utilisé comme entrepôt. En 1992, le bâtiment a été transféré à l'usage gratuit de la communauté orthodoxe locale, et par la résolution du Conseil d'État de la République des Komis du 24 mars 1999, il a été restitué au diocèse de Syktyvkar et de Vorkouta du Patriarcat de Moscou de l'Église orthodoxe russe. Le projet de restauration de la partie architecturale du bâtiment a été élaboré par l'architecte A.L. Smyshlyaev de l'agence « Spetsproektrestavratsiya », Moscou.