La primera mención de las iglesias de madera de la Epifanía y de San Nicolás el Milagroso en el asentamiento de Lyali aparece en el libro de vigilancia de 1608. En el libro de censos del distrito de Yaren de 1648 también se mencionan estas iglesias, pero la iglesia de San Nicolás ya tiene un techo a cuatro aguas. Se indica que en las iglesias hay íconos, libros, velas, vestimentas, vasos de la iglesia, campanas y todos los bienes de la iglesia adquiridos con fondos de la comunidad campesina.

En el libro de censos de 1678 solo se menciona la iglesia de la Epifanía sin especificar su tipo. Los informes sobre las iglesias y sacerdotes de Yaren y el distrito de 1798 vuelven a mencionar dos templos de Lyali, que se incendiaron el 8 de mayo de ese mismo año. Según el informe clerical de la iglesia de la Epifanía de Lyali de 1907, la iglesia de piedra existente fue construida entre 1852 y 1856 en lugar de la de madera, que, según la tradición, era contemporánea a las iglesias de Ust-Vym. Es probable que los habitantes de Lyali solo lograran restaurar uno de los templos quemados, que era contemporáneo a la iglesia de San Miguel Arcángel (1795-1806) en Ust-Vym. La iglesia de piedra tenía tres altares: en la parte superior, en el templo frío, en honor de la Imagen No Hecha por Mano del Salvador (consagrada el 25 de septiembre de 1857), en la parte inferior, en el templo cálido, a la derecha en honor de la Epifanía del Señor (consagrada en diciembre de 1857), a la izquierda en honor de San Nicolás el Milagroso (consagrada en junio de 1888).

El templo de la Epifanía fue cerrado el último en la República Autónoma de Komi a finales de 1941 en condiciones de persecución a la iglesia. Después de su cierre, se utilizó como almacén. En 1992, el edificio fue transferido a la comunidad ortodoxa local en uso gratuito, y por decreto del Consejo de Estado de la República de Komi del 24 de marzo de 1999, fue devuelto a la diócesis de Syktyvkar y Vorkuta del Patriarcado de Moscú de la Iglesia Ortodoxa Rusa. El proyecto de restauración de la parte arquitectónica del edificio fue desarrollado por el arquitecto A.L. Smyslyaev de la empresa de diseño "Spetsproyektrestavratsiya", Moscú.