Die erste Erwähnung der hölzernen Kirchen der Erscheinung und des heiligen Nikolaus des Wundertäters in der Gemeinde Ljaly findet sich im Aufsichtsbuch von 1608. Auch im Steuerbuch des Jarenski-Bezirks von 1648 werden diese Kirchen erwähnt, wobei die Nikolauskirche bereits einen spitzen Turm hat. Es wird angegeben, dass in den Kirchen Ikonen, Bücher, Kerzen, Gewänder, Kirchgefäße, Glocken und sämtliches Kircheneigentum vorhanden sind, das mit Mitteln der Bauernschaft erworben wurde.

Im Steuerbuch von 1678 wird nur die Erscheinungskirche ohne Angabe ihres Typs erwähnt. Die Berichte über die Kirchen und Priester von Jarensk und dem Bezirk aus dem Jahr 1798 erwähnen erneut zwei Ljaly-Kirchen, die am 8. Mai desselben Jahres verbrannt sind. Laut dem Klerikalen Bericht der Ljalyer Erscheinungskirche aus dem Jahr 1907 wurde die bestehende Steinkirche zwischen 1852 und 1856 anstelle der hölzernen Kirche erbaut, die der Überlieferung nach zeitgenössisch zu den Kirchen in Ust-Vym war. Wahrscheinlich gelang es den Bewohnern von Ljaly, nur eine der verbrannten Kirchen wiederherzustellen, die zeitgenössisch zur Michael-Archangel-Kirche (1795-1806) in Ust-Vym war. Die Steinkirche hatte drei Altäre: im oberen kalten Tempel im Namen des Ungemachten Bildes des Heilands (geweiht am 25. September 1857), im unteren warmen rechts im Namen der Erscheinung des Herrn (geweiht im Dezember 1857), links im Namen des heiligen Nikolaus des Wundertäters (geweiht im Juni 1888).

Die Erscheinungskirche wurde als letzte in der Komi ASSR Ende 1941 unter den Bedingungen der Verfolgung der Kirche geschlossen. Nach der Schließung wurde sie als Lager genutzt. Im Jahr 1992 wurde das Gebäude der örtlichen orthodoxen Gemeinde unentgeltlich übergeben, und durch den Beschluss des Staatsrates der Republik Komi vom 24. März 1999 wurde es der Syktywkarer und Workutiner Diözese des Moskauer Patriarchats der Russisch-Orthodoxen Kirche zurückgegeben. Das Projekt zur Restaurierung des architektonischen Teils des Gebäudes wurde von dem Architekten A.L. Smysljaev vom PI „Spezialprojektrestaurierung“, Moskau, entwickelt.