Церковь была основана в 1892 году португальским католическим священником Жозе де Алмейда Силвой. После его смерти в 1918 году часовня оставалась открытой для молитв, но в 1924 году её закрыли. Новый этап в истории церкви начался с прибытием русских эмигрантов в Сан-Паулу. Иконы для иконостаса создал Михаил Лобанов, включая образ святителя Николая Чудотворца. Иконы двенадцати праздников написал художник Николай Мишаткин. Запрестольную икону привез из Китая священник Фёдор Вилькок. Две большие клиросные иконы, изображающие святителя Алексия, митрополита Московского, и преподобного Сергия Радонежского, создал художник Дмитрий Измайлович.

Приход был тесно связан с Интернатом для русских мальчиков святого Владимира в Иту. Настоятель храма, иеромонах-иезуит Иоанн Штойссер, в 1966 и 2004 годах неоднократно заявлял о намерении завещать приход Московскому Патриархату. Приход организует детские утренники и культурные вечера. При храме работает библиотека с классической и детской литературой, а также проводятся курсы португальского языка для начинающих.