Die Kirche wurde 1892 von dem portugiesischen katholischen Priester José de Almeida Silva gegründet. Nach seinem Tod im Jahr 1918 blieb die Kapelle für Gebete geöffnet, wurde jedoch 1924 geschlossen. Ein neuer Abschnitt in der Geschichte der Kirche begann mit der Ankunft russischer Emigranten in São Paulo. Die Ikonen für den Ikonostase schuf Michail Lobanow, darunter das Bild des Heiligen Nikolaus des Wundertäters. Die Ikonen der zwölf Feste malte der Künstler Nikolai Mishatkin. Das Altarbild brachte der Priester Fyodor Vilkok aus China mit. Zwei große Chorbilder, die den Heiligen Alexius, Metropolit von Moskau, und den Heiligen Sergius von Radonesch darstellen, schuf der Künstler Dmitri Izmailovich.

Die Gemeinde war eng mit dem Internat für russische Jungen des Heiligen Wladimir in Itu verbunden. Der Pfarrer der Kirche, der Jesuitenpriester Ioann Stoysser, erklärte 1966 und 2004 mehrfach die Absicht, die Gemeinde dem Moskauer Patriarchat zu vermachen. Die Gemeinde organisiert Kinderfeiern und kulturelle Abende. An der Kirche gibt es eine Bibliothek mit klassischer und Kinderliteratur, und es werden Portugiesischkurse für Anfänger angeboten.